Наполеон заметил: "Самый опасный момент наступает после победы", и история подтверждает его слова. После победы наступает естественное ослабление усилий и период самодовольства, но Ли был не подвержен подобным искушениям. Он освободил Ричмонд, что казалось невозможным, но ему не удалось уничтожить армию Макклеллана.
J. Э. Б. Стюарт, обладавший даром грандиозного жеста даже тогда, когда он был неуместен, 2 июля достиг возвышенности, окружавшей лагерь союзников в Харрисонс-Лэндинг, но вместо того, чтобы вернуться и сообщить Ли, что она еще не занята, он сделал один презрительный выстрел из гаубицы по лагерю союзников. Федералы, предупрежденные о его присутствии, прогнали его и поспешили укрепить Эвелингтонские высоты артиллерией и пехотой, фактически лишив Ли возможности атаковать их. Он не мог добраться до Макклеллана, а Макклеллан не мог добраться до него. К 9 июля Ли вернулся в свой штаб в Ричмонде, а его армия маршировала обратно в свои лагеря. Лишь бригада кавалерии Стюарта осталась присматривать за Потомакской армией.
Ли пришлось задуматься о своих потерях. Он начал кампанию с 85 500 человек. Через неделю более 20 000 из них были убиты, ранены или пропали без вести, что составляло чуть меньше четверти от общего числа, причем среди погибших было непропорционально много офицеров - в эпоху, когда офицеры вели свои войска в бой, обнажив мечи, это было неизбежно - и заменить их будет все труднее. Но Ли мало что сделал для реорганизации своей армии и ничего не предпринял для расширения или изменения своего штаба. Он продолжал исполнять обязанности собственного начальника штаба, корпел над отчетами и приказами, составление которых следовало поручить кому-то другому. Когда старший офицер явно подводил его, как Хьюгер или Магрудер, Ли переводил его - всегда с безграничной вежливостью - либо на рутинную штабную работу, либо туда, где в ближайшее время не было перспективы серьезных боевых действий. Вера Ли в человека, который больше всех подвел его в кампании, Стоунволла Джексона, оставалась неизменной. Это была "мистическая связь" личностей, хотя в будущем он позаботился бы о том, чтобы предоставить Джексону как можно больше независимости.
Ли практически не пытался реорганизовать свою армию не потому, что игнорировал ее недостатки, свои собственные или своих подчиненных, а потому, что понимал: время - его враг. Северяне могли быстро заменить людей, стрелковое оружие, артиллерию, лошадей, локомотивы, а южане - нет. Нанеся удар по Макклеллану, Ли должен был воспользоваться тем, что его противник на время застрял в Харрисонс-Лэндинг, чтобы нанести удар в другом месте.
Дивизии Союза, разбитые Джексоном в Долине, были усилены и сформированы в новую армию, Армию Вирджинии, под командованием генерал-майора Джона Поупа, который был одним из немногих офицеров "старой армии", которую конфедераты называли Вест-Пойнт, и к которому Ли выражал скудное уважение, вскоре перешедшее в откровенное презрение. Еще одна федеральная "колонна" численностью около 18 000 человек была сосредоточена во Фредериксбурге под командованием генерал-майора Ирвина Макдауэлла, а другая, численностью 14 000 человек, ждала "на транспортах" у форта Монро под командованием генерал-майора Эмброуза Бернсайда. Ли должен был подумать о том, что Макдауэлл и Бернсайд могут присоединиться к Макклеллану и возобновить попытку взять Ричмонд, но, похоже, он пришел к выводу, что Макклеллан лично не в состоянии приступить к реализации столь амбициозного плана. И снова Ли выбрал дерзкую стратегию. Вместо того чтобы концентрировать свои силы, как за это всегда выступал Джонстон, Ли с опаской держал свои возможности открытыми, ожидая, когда Поуп покажет свою силу. Если Поуп двинется к Долине, Ли отправит туда Джексона; если Поуп двинется к Ричмонду, Ли может отправить на его защиту остатки армии Северной Вирджинии; если Бернсайд попытается присоединиться к Макклеллану, Ли предпримет меры, чтобы предотвратить это. Тем временем он посвятил много сил улучшению и укреплению обороны Ричмонда и Петербурга, важнейшего железнодорожного узла в двадцати милях к югу от Ричмонда. Джексон, восстановив здоровье и оптимизм, хотел продвинуться на север, пока силы Поупа еще разрознены, но Ли не поддался искушению. Опасность подстерегала его во всех направлениях, и он предпочел позволить Поупу сделать первый шаг.