Тем временем удар за ударом обрушивался на Конфедерацию. Джонстон, предвидя сокрушительную атаку Макклеллана в Северной Вирджинии, противился отправке подкреплений для поддержки Магрудера на полуострове, а Джексон просил подкреплений в Долине. Худшие новости приходили из юго-западного Теннесси, из двухдневной битвы при Шилохе 6 и 7 апреля, самой кровопролитной в истории американских войн на тот момент, * в которой генерал Улисс С. Грант одержал шаткую победу, а другой Джонстон - генерал Конфедерации Альберт Сидни Джонстон - был убит. К 9 апреля стало ясно, что Потомакская армия, вместо того чтобы наступать на Фредериксбург (как предполагал Джозеф Э. Джонстон), высаживается на полуострове в полном составе. Генерал Макклеллан уже добрался туда, чувствуя, что "очень рад убраться подальше от этого омута беззакония", под которым он подразумевал Вашингтон и Белый дом. Это было беспрецедентное военное достижение - в течение следующих нескольких недель "121 500 человек, 44 артиллерийские батареи, 1150 повозок, почти 15 600 лошадей и мулов" и огромное количество снаряжения, боеприпасов, палаток, продовольствия и фуража будут доставлены в Хэмптон-Роудс. Это была самая крупная высадка десанта в истории войн, которая не будет превзойдена до Дня Д в июне 1944 года. Это должно было стать триумфом для Макклеллана, но, хотя ему удалось удивить конфедератов, он оставался обеспокоенным. Во-первых, он не знал, что его 50-тысячной армии противостоят всего 11 тысяч конфедератов под командованием Магрудера; во-вторых, он все еще обижался на то, что Линкольн настоял на сохранении части его войск для усиления армии Макдауэлла, обороняющей Вашингтон и Долину; и, наконец, американский флот, встревоженный тем, что его войска не были переброшены в Вашингтон.Военно-морской флот США, встревоженный перспективой сражения с конфедеративным броненосцем "Мерримак", не смог пообещать поддержку своими канонерскими лодками на реках Джеймс и Йорк для защиты флангов Макклеллана во время его продвижения, что он должен был выяснить до отъезда из Александрии. Как отмечает Стивен В. Сирс в своей биографии Макклеллана, генерал уже разрабатывал оправдания и планировал в случае неудачи свалить вину на Линкольна и флот. Несмотря на плохие карты и ужасную погоду, превратившую дороги в реки грязи, Макклеллан все еще превосходил противника числом почти пять к одному и, несомненно, мог бы прорвать линию Магрудера, которая на этом этапе была не такой уж грозной, если бы сразу же смело атаковал. Но он этого не сделал. "Никто, кроме Макклеллана, не мог медлить с атакой", - позже нелицеприятно, но верно заметит генерал Джонстон.
Вместо этого Макклеллан разработал тщательно продуманные планы осады Йорктауна и приступил к долгой и дорогостоящей работе по доставке осадного обоза, включавшего тринадцатидюймовые мортиры весом более восьми тонн каждая. Мало что в военном деле занимает столько времени и так медленно продвигается, как осада, но это устраивало Макклеллана, чей самый сильный дар был связан с логистикой и планированием. Что касается Джонстона, то он был вызван в Ричмонд, чтобы справиться с угрозой. Он прибыл туда 13 апреля, а 14 апреля отправился на инспекцию линий Магрудера, чтобы, к всеобщему удивлению, вернуться на следующий день с "неутешительным докладом". К ужасу президента Дэвиса и Ли, Джонстон сообщил им, что линия Магрудера в Йорктауне слишком длинна для обороны. Он предложил отказаться от Норфолка и полуострова вообще и либо сосредоточить все войска Конфедерации перед Ричмондом, чтобы провести там решающее сражение, либо, наоборот, позволить осадить Ричмонд и сосредоточить все силы Конфедерации в другом месте для крупного наступления на вражескую территорию. (Первая из этих альтернатив фактически произойдет зимой 1864-1865 годов, что приведет к тяжелым последствиям, а вторая приведет к неудачному вторжению Ли в Мэриленд в 1862 году и в Пенсильванию в 1863 году). Ли был категорически против идеи отказа от полуострова и Норфолка и убедил президента Дэвиса в том, что необходимо выиграть время, замедлив продвижение Макклеллана на как можно более долгий срок, а не рисковать всем в один момент, пока силы Конфедерации в Виргинии не были достаточно вооружены и оснащены.