Будущая операция должна была быть проведена скрытно. В январе 1944 года Совнарком Чечено-Ингушской АССР и обком партии приняли совместное решение «Об обеспечении подготовки тактических учений войсковых частей СКВО в горных условиях». А к концу января в республике уже находилось около 100 тысяч военнослужащих частей НКВД и почти 19 тысяч работников НКГБ и СМЕРШа. Такой концентрации войск Чечено-Ингушетия раньше не знала.
20 февраля 1944 года в специальном вагоне в Грозный прибыли нарком внутренних дел СССР Л. Берия и его заместители генералы Б. Кобулов, И. Серов, С. Мамулов.
Поражает точность и тщательность всего того, что делалось при подготовке к переселению. Взять хотя бы дороги в республике. Они изучались до деталей. Отметки подъемов и спусков чуть ли не на каждом километре, выбоины и колеи, обрывы и ущелья, места возможных оползней, состояние переправ, бродов. Но еще тщательнее отрабатывались вопросы железнодорожных перевозок. Ответственным уполномоченным по организации транспорта Берия назначил начальника 3-го управления НКГБ СССР комиссара Госбезопасности третьего ранга С. Мильштейна. Генерал-майору Бочкову, начальнику управления конвойных войск НКВД СССР, вменялось в обязанность организовать «охрану спецконтингентов на станциях погрузки и конвоирование до мест расселения».
В плане мероприятий по обеспечению специальных железнодорожных перевозок значилось: «Всего для обеспечения перевозок спецконтингентов сформировать и отправить 152 маршрута, общим количеством 14 200 крытых вагонов и 1 тысяча платформ. Эшелоны формировать по 65 вагонов по схеме: в голове поезда ставить два вагона прикрытия (или один пульмановский), 33-й вагон отвести для конвоя, 34-й под медизолятор…»
Вся операция получила странное название «Чечевица». Сейчас вряд ли можно сказать, кто и когда придумал такое нелепое название. Очевидно, сыграло роль созвучие первых букв депортируемого народа, но так или иначе «Чечевица» была подготовлена и проведена на самом высоком организационном уровне. Как ни странно это звучит. А в феврале был уже подведен окончательный итог — 97 635 семей, или 459 486 чеченцев и ингушей, должны покинуть республику. (Эти расчеты были сделаны по итогам предшествующей переписи населения.) Начало операции назначено на 22–23 февраля.
Удивительно, но выселение всех «виновных» народов проходило под праздники или сразу после красных дней календаря. Так, карачаевцев выслали под 7 ноября, калмыков — под Новый год, чеченцев и ингушей — в годовщину Красной армии. И только выселение крымских татар проходило спустя почти три недели после первомайских торжеств.
В ночь на 23 февраля 1944 года были оцеплены все населенные пункты республики, организованы засады в ущельях и на тропах. Каждой опергруппе, состоящей из одного оперативника и двух бойцов войск НКВД, было предписано произвести выселение четырех семей. В специальной инструкции предписывалось, что по прибытии в дом выселяемых нужно произвести обыск, изъять огнестрельное и холодное оружие, валюту, антисоветскую литературу. Главе семьи предложить выдать властям участников созданных немцами отрядов и лиц, помогавших фашистам. Здесь же объявить причину выселения: «В период немецко-фашистского наступления на Северный Кавказ чеченцы и ингуши в тылу Красной армии проявили себя антисоветски, создавали бандитские группы, убивали бойцов Красной армии и честных советских граждан, укрывали немецких парашютистов». Затем надлежало погрузить на транспортные средства имущество и людей, в первую очередь женщин с грудными детьми, и под охраной отправить к месту сбора. С собой разрешалось брать продовольствие, мелкий бытовой и сельскохозяйственный инвентарь… Но не более полутонны на семью. В случае сопротивления или попыток к бегству применять решительные меры, вплоть до расстрела. Примечательно, ни в Чечено-Ингушетии, ни чуть ранее в Карачаеве и позже в Балкарии войска НКВД так и не встретили ни разу организованного отпора.
Пущенные в черное небо осветительные ракеты стали сигналом к началу операции. Каждые шесть часов руководители оперативных секторов докладывали ее результаты Л. П. Берия.
Самой большой неожиданностью стал мощный снегопад, начавшийся во второй половине дня во всех районах республики. Но погода не помешала. К 11 часам утра, как следует из телеграммы Сталину № 6051, «…вывезено из населенных пунктов 94 тысячи 741 человек, то есть свыше 20 процентов подлежащих выселению. Погружено в железнодорожные эшелоны из этого числа 20 тысяч 23 человека». А уже к исходу первого дня операции появилась первая суммарная сводка о ходе погрузки и отправлении эшелонов: 39 готовы к отправке, 32 — находятся под погрузкой, 18 — находятся в пути. 107 431 человек, в том числе 43 529 детей, потеряли в этот день свой дом, сменив его на теплушку. В среднем на каждый поезд приходилось по 2,5 тысячи человек.
В отчетных документах на имя Берии эшелоны обозначались индексом «СК» (спецконтингент) и трехзначной цифрой: