Уклоняясь от мобилизации, крестьяне, особенно молодежь, уходили в леса, и начинали партизанить против красных и против белых, создавая отряды «зеленых». Они убивали советских работников, нападали на небольшие отряды Красной армии. Тысячи «зеленых» партизанили в Московской, Ярославской, Костромской, Вологодской, Владимирской, Тверской и других губерниях. В январе-июле 1919 восстания произошли в 124 уездах Европейской части России. Пойманных «зеленых» частично расстреливали, а частично отправляли служить в Рабоче-крестьянскую Красную армию (РККА).
В ноябре 1918 года в соответствии с решениями VI Всероссийского съезда Советов ликвидируются комитеты бедноты как чрезвычайные органы. 11 января 1919 года Совнарком принял декрет о разверстке зерновых хлебов и фуража, то есть продовольственная диктатура отменялась, а хлеб государство должно не отбирать, а закупать, но по своим ценам. Продразвёрстка распространялась на хлеб и зернофураж, картофель, мясо, а к концу 1920 года почти на все сельхозпродукты. Из-за того что деньги не стоили бумаги на которой были напечатаны, да и купить на них было нечего, крестьяне снова начали сопротивляться.
5 марта 1919 года началась «Чапанная война», названная так из-за крестьянской одежды. Волнения охватили Самарскую, Симбирскую, Пензенскую, Уральскую, Оренбургскую и Казанскую губернии. В «Чапанной войне» участвовало до 180 тысяч крестьян. Но уже 14 марта восстание было подавлено.
Весной 1919 года волнения проходили в Поволжье, Нечерноземье, что создавало угрозу снабжения Красной Армии. Часто волнения были спонтанными и недолговременными, ведь крестьяне совсем не хотели поражения Советов и прихода помещиков. К концу 1919 года восстания против красных почти прекратились, этому способствовало продвижение белых.
Для большевиков, несмотря на продолжающееся тяжелое материальное положение рабочего класса, стало понятно, интересы крестьян дальше игнорировать нельзя. На VIIсъезде РКП(б) Ленин говорит:
В 1920 году, когда военная угроза от белых миновала, и красные двинулись на окраины России, там крестьяне, ознакомившись с «военным коммунизмом» и разверсткой, также восстали против этого. В феврале-марте 1920 года в Уфимской, Казанской и Самарской губерниях произошло «Вилочное восстание», названное, так из-за вил, используемых в качестве оружия. В этом восстании учувствовали крестьяне разных национальностей.
В августе 1920 года произошло Антоновское (тамбовское) восстание. Это восстание было самым хорошо вооружённым. Во главе восстания был поручик Токмаков и местный учитель Антонов. К октябрю 1920 года кроме Тамбовской, восстала и Воронежская губерния. Получилось две восставшие армии, в несколько десятков тысяч человек, к которым присоединилась третья армия из белых казаков, отставших от своих. Может поэтому своим флагом они выбрали бело-сине-красный триколор. У них была своя государственность: суды, прокуратура, милиция, школа. Была и политическая программа – эсеровская. Восстание отличалось звериной жестокостью. Было подавлено в середине июня 1921 года Тухачевским, который против восставших применил не только автоброневики и самолеты, но даже химическое оружие.
Антоновское восстание совместно с Кронштадтским мятежом (вооружённое выступление в марте гарнизона крепости ) привели к пересмотру политики большевиков.
15 марта 1921 года Х съезд РКП (б) принял решение об отмене продовольственной развёрстки и переходу от «военного коммунизма» к новой экономической политике (НЭП).
Крестьянские восстания ещё возникали на окраинах России, в 1922 году на Украине и Белоруссии, в 1923-1924 на Дальнем Востоке, Северном Кавказе и в Средней Азии, но возникали очагово и кратковременно. Политика НЭП-а, с введением продналога вместо продразверстки и с разрешением свободной торговли хлебом вместо государственной хлебной монополии, сделали своё дело.
Итоги гражданской войны
К концу 1920 года Белое движение как антибольшевистская сила перестало существовать. Отдельные оставшиеся до 1922 года очаги на окраинах России существенного влияния ни на что уже не оказывали и изменить ход истории не могли.
Что же принесла гражданская война белых и красных?
Людские потери Красной Армии по оценке историка Полякова составили более 1,2 миллиона человек, а суммарные потери с обеих сторон (убитые, умершие от ран и болезней) более 2,5 миллионов человек. На всем театре военных действий практически все предприятия были уничтожены. Разрушенные заводы, фабрики, шахты привели к остановке промышленности в стране. Уровень промышленного производства упал приблизительно в 5 раз по сравнению с довоенным. В сельском хозяйстве объемы производства зерновых и других сельскохозяйственных культур также упали на 45-50 %. Были потеряны Польша, Латвия, Эстония, частично Украина, Белоруссии, Армении, Бессарабия. Из страны произошла массовая миграция населения, до 5 миллионов человек, в основном военные и интеллигенция.