В начале марта, упредив наступление РККА, армии Колчака ударили в стык между флангами 5-й 2-й советских армий, и перейдя в наступление, стали быстро приближаться к . Сибирская армия Пепеляева, начав наступление на Вятском направлении, соединилась с войсками .
Части Западной армии генерала Ханжина в марте взяли , , Стерлитамак, в апреле Мензелинск, , , , .
Сибирская армия в апреле взяла , , . В конце апреля армии Колчака вышли на подступы к , Самаре, .
Занятие столь масштабной территории с важными промышленными и сельскохозяйственными ресурсами, и с население более 5 миллионов человек открыло Колчаку прямую дорогу на Москву, и Колчак, с его 400-сот тысячной армией, уже видел себя победителем в Москве.
В мае 1919 года верховную власть Колчака признали генералы Деникин, Юденич, Миллер. Значительно возрос авторитет Колчака. Вокруг Колчака были созданы , и образовалось , хотя и состоявшее из трёх разрозненных частей. Антанта, видя такие успехи, наконец, признала Колчака как верховного правителя, и её помощь резко увеличилась.
Ленин в апреле 1919 года объявил Колчака главным врагом Советской республики и призвал
К середине 1919 года численность Красной армии дошла до 1,5 миллионов человек, и она смогла восстановить свой численный перевес на Восточном фронте. получил в своё распоряжение четыре армии, чья совокупная численность составляла 80 тысяч человек и вдвое превышала число бойцов Западной армии генерала Ханжина.
Весной 1919 года развернулось массовое партизанское движение против режима Колчака. Пепеляев, находясь в марте 1919 года в инспекционной поездке по Сибири, телеграфировал в Омск, что Енисейская губерния поражена партизанским движением, будучи надолго выбита из нормальной колеи.
28 апреля началось контрнаступление Красной армии.
Положение белых войск усугубило восстание , к которому присоединились ещё четыре полка и егерский батальон. Белый фронт был прорван, и Западной армии пришлось отходить.
9 июня красные части взяли Уфу. Отступив из Поволжья, Колчак потерял стратегическую инициативу. Боеспособность армии снизилась.
В июне Колчак отклонил предложение двинуть 100-тысячную финскую армию на Петроград в обмен на признание независимости Финляндии, заявив, что
12 июля 1919 года. барон Будберг записал в своем дневнике:
В августе 1919 года красные вышли к реке Тобол и форсировали ее.
Собранные Колчаком наспех уральские пополнения не желали воевать, расходились по домам и уносили с собой оружие. Попытки белых закрепиться на рубеже реки Тобол и удержаться в Западной Сибири не увенчались успехом.
После сентябрьских боёв на Тоболе последовало некоторое затишье, происходила перегруппировка сил. В середине октября красные повели наступление свежими силами и белые сдавали и сдавали свои опорные пункты. Началось масштабное отступление белых частей. Хотя красные не смогли прорвать фронт, но захватили плацдармы на левом берегу Тобола. Возникла угроза потери Омска. Колчак, понимал, что сдача его столицы, вызовет всеобщий обвал на фронте и в тылу, и он решил защищать Омск до последней возможности. Но 13 ноября 1919 года Омск был оставлен, теперь командование Колчака планировало задержать наступление красных на рубеже реки Обь…. 11 декабря был оставлен Барнаул, 13 декабря Бийск, 14 декабря Новониколаевск.
В ноябре постоянные конфликты между колчаковскими соединениями и соединениями белочехов переросли в боевые столкновения. В конце концов, действия союзников превратили боевые неудачи Колчака в катастрофу всего Белого движения на Востоке России. Армия Колчака оказалась отрезана от тыла, лишена возможности вовремя получать боеприпасы и эвакуировать раненых.
11 декабря Колчак назначил новым Главнокомандующим войсками Восточного фронта генерала я. Капеель, должен был восстановить фронт по и установить связь с забайкальскими войсками атамана . А сам Колчак направился в свою новую столицу .
25 декабря эшелоны Колчака были остановлены чехословаками на подходе к станции Нижнеудинск. Белочехи взяли Колчака под арест. Среди эшелонов Колчака был и «золотой эшелон», который чехи взяли под охрану. 10 января эшелон вышел из Нижнеудинска и 15 января прибыл в Иркутск.