Булгаков намеренно раскрывает перед читателями главный источник эрудиции Берлиоза — Энциклопедический словарь Брокгауза и Ефрона. Писатель с иронией говорит об образованности редактора (в ранней редакции прямо назывался редактируемый Берлиозом журнал — «Богоборец», по аналогии с реально существовавшим «Безбожником»), ясно давая понять, что ни Иммануила Канта, ни Фридриха Шиллера (1759–1805), ни Давида Фридриха Штрауса (1808–1874) председатель МАССОЛИТа в действительности не читал.
Берлиоз утверждает, что об Иисусе Христе «никогда ни словом» не упоминал знаменитый Иосиф Флавий (37 — после 100). На самом деле, как известно, в дошедшем до нас тексте «Иудейских древностей» Флавий пишет об Иисусе, но считает его мессией, что было совершенно невозможно для правоверного приверженца иудаизма, каким был римский историк. Это обстоятельство позволяло сторонникам мифологической школы считать данное место позднейшей вставкой христианских редакторов. Однако уже при жизни Булгакова существовало доказательство подлинности сообщения Иосифа Флавия об Иисусе, что, в свою очередь, подтверждало историчность основателя X.
Еще в 1912 г. русский ученый, профессор Дерптского (ныне Тартуского) университета Александр Александрович Васильев (1867–1953) опубликовал во французском журнале «Восточная патрология» текст и перевод хроники Агапия Манбиджского — христианского епископа и арабского историка Х в. В этой хронике цитируется и посвященная Иисусу часть труда Флавия, причем Агапий использовал сирийский перевод с недошедшего до нас греческого оригинала. В его изложении данное место читается следующим образом: «В то время жил мудрый человек, которого звали Иисусом. Образ жизни его был достойным, и он славился своей добродетелью. И многие люди из иудеев и других народов стали его учениками; Пилат приговорил его к распятию и смерти. Но те, кто стали его учениками, не отреклись от его учения. Они сообщили, что он явился им через три дня после распятия и что он был живым. Полагают (или возможно), что он был мессией, относительно которого пророки предсказали чудеса». Здесь о том, что Иисус был мессией, Флавий говорит лишь со ссылкой на мнение, распространенное среди учеников казненного, отнюдь не солидаризуясь с ним.
Сам А. А. Васильев, после 1917 г. прочно обосновавшийся в Висконсинском университете в США и специализировавшийся по истории Византии, не сомневался, как и подавляющее большинство русских и зарубежных исследователей, исключая советских официозных историков и философов, в историчности Иисуса Христа. В примечании к своему переводу хроники Агапия он указал, что данное место восходит к сочинению Иосифа Флавия, однако, похоже, более об этом своем открытии нигде не упоминал. В широкий научный оборот текст Агапия Манбиджского вошел только в 1971 г., когда бельгийский исследователь Ш. Пине, основываясь на васильевской публикации, еще раз сделал вывод о том, что сообщение арабского историка восходит к неискаженной версии «Иудейских древностей». Однако нельзя исключить, что с открытием Васильева по роду своей специальности были знакомы профессора Киевской Духовной Академии, сохранявшие связи с семьей Булгаковых и после смерти отца писателя, А. И. Булгакова. Возможно, от них и сам автор «Мастера и Маргариты» узнал о подтверждении подлинности сообщения Иосифа Флавия об Иисусе и специально заставил Берлиоза исказить содержание «Иудейских древностей». Показательно, что Булгаков ничего не говорит о том, что слова об Иисусе — позднейшая вставка редакторов-христиан. Вероятно, писатель был уверен в неосновательности такого предположения и вынудил Берлиоза сказать заведомую неправду об отсутствии у Иосифа Флавия каких-либо упоминаний о Христе.