Над главным бортовым поясом "Айовы" устанавливался верхний стале-никелевый, толщиной 127 мм и длиной 27,43 м (по другим данным, толщиной 102 мм [6; 9; 5] длиной 32,3 м [5]), имевший ещё более заметный уклон внутрь корпуса, чем на "Индиане". На "Айове" броневые траверзные переборки верхнего пояса устанавливались, как на "Индиане": от бортовых оконечностей верхнего пояса под углом к диаметральной плоскости, сопрягаясь другими своими концами с наружными частями барбетов главного калибра. Толщина верхнего пояса и его переборок на всех участках "Айовы" была неизменной. По высоте он размещался от места соединения 356-мм кромки главного пояса с плоской палубой цитадели до уровня главной палубы, на которой стояла кормовая башня главного калибра. Предполагалось, что верхний пояс будет служить для вызова взрывов снарядов с сильными взрывчатыми составами.
За верхним поясом бортовой (казематной) брони "Айовы" уже традиционно располагался слой угля толщиной несколько футов, а за ним – переборка с подкладкой из досок жёлтой сосны толщиной в несколько дюймов. Впереди и сзади казематной поясной брони (в районах стыков верхнего пояса с обшивкой бортов небронированных оконечностей), на высоту от броневой и до главной палубы, за наружной обшивкой устраивался широкий коффердам, заполненный целлюлозой и подразделённый на многочисленные водонепроницаемые отсеки. [2; 6]
В оконечностях цитадели устанавливалось по одному барбету из гарвеированной никелевой стали толщиной 381 мм. [11] Их нижние кромки соединялись с броневой палубой цитадели, накрывавшей главный пояс и траверзы. Внутренние участки барбетов, обращенные к миделю, были тоньше – 318 мм. С бортов они дополнительно прикрывались траверзными переборками верхнего пояса. [9, 5]
Цилиндрические башни главного калибра "Айовы" защищались гарвеированной броней толщиной 381 мм [6; 11]. Согласно иным данным, лобовые их участки прикрывались 432-мм бронёй, а боковые и тыловые – 381-мм [6; 9]. Крыша башен получила 51-мм броню. [11, 5].
Выше верхнего пояса, на палубе полубака "Айовы", устанавливались 4 барбета для защиты оснований башен 203-мм орудий. Толщина этих барбетов, как и на "Индиане", равнялась 203 мм на участках, обращенных в сторону противника и утоньшалась до 152 мм во внутренних областях. [11] Цилиндрические башни среднего калибра защищала 152-мм броня. [11] По другим данным, их броня была в пределах от 203 до 102 мм [9] или от 203 до 139,7 мм [6]. Крыши этих башен, как и у главного калибра, бронировались 51-мм никелевой сталью [11, 5]. Трубы подачи боеприпасов для 203-мм орудий защищались 76-мм бронёй. [5] В отличие от "Индианы", на "Айове" палубные участки барбетов 203-мм орудий бронировались, так же как и труба подачи боеприпасов. [11] Все шесть 102-мм вспомогательных пушек "Айовы" получили 127-мм защиту: четыре на главной палубе – индивидуальные полукруглые казематы с броневыми крышами и палубами, размещённые в спонсонах; два на кормовом участке надстройки – броневыещиты. [6; 11] Поперечные стальные переборки казематных орудий должны были уберечь орудийную прислугу от осколков и ружейных пуль. Их толщина равнялась 37 мм. [6; 5]
Все 6- и 1-фунтовые орудия корабля прикрывала 51-мм сталь: либо казематной брони, либо щитов. [11] Носовая боевая командирская рубка "Айовы", установленная под штурманской рубкой, за носовой башней главного калибра (выше её) и перед дымовой трубой, защищалась стале-никелевой бронёй толщиной 254 мм. [6; 11; 9; 5] Вертикальная труба, шедшая из рубки вниз и через которую проходили все средства связи с важнейшими постами броненосца, прикрывалась 178-мм бронёй. [6; 5]
Изображение внешнего вида будущего броненосца, помещённое в "Scientific American" от 11 марта 1893 г., показывало, что схема размещения его главной артиллерии по проекту была сходной с применённой на "Индиане".
Четыре 305-мм главных орудия "Айовы" с длиной ствола в 35 калибров стояли попарно в двух круглых в плане барбетных башнях в носовой и кормовой оконечностях броненосца. Углы обстрела каждой башни составляли по 270°. Оси орудий должны были находиться на высоте: носовая – 7,77 м; кормовая – 5,56 м над грузовой ватерлинией (7,5 и 5,5 м [6]). Движение башням обеспечивали гидравлические приводы. Ошибка, допущенная на "Индиане", была устранена, и все шесть башен "Айовы" сбалансировали по т.н. "противовесной системе". [6; 9]
Восемь 203-мм 35- калиберных пушек, вероятно, таких же, как на "Индиане", попарно устанавливались в четырёх круглых в плане башнях, смонтированных на верхней палубе полубака над высокими барбетами. В отличие от "Индианы", эти башни заметно переместились от оконечностей ближе к миделю, но, главное, ещё больше оказались сдвинуты к бортам, получив спонсоны, выступавшие над вогнутым надводным бортом.
Расчётные углы обстрела каждой 203-мм башни составляли по 170°, считая от диаметральной плоскости. Оси 203-мм орудий находились либо на той же высоте, что и у 305-мм носовых пушек, либо чуть ниже. [6; 11; 9; 5]