Около полуночи 21 мая Шлей с летучей эскадрой подошёл к Сьенфуэгосу (по другим данным, 22 или 23 мая). Примерно в полдень 22 мая к этому порту подошёл "Айова" с транспортом "Мерримак". Вероятно, 23 мая броненосец с усиленной
крейсерами летучей эскадрой направился к Сантьяго, куда и пришёл вечером 26 мая (по другим данным, 24 мая, хотя, скорее всего, это день появления первых американских крейсеров- разведчиков).
"Айове" посчастливилось участвовать в первом обстреле береговых батарей и кораблей в бухте Сантьяго 29 мая 1898 г. Броненосец прошёл с запада на восток в составе кильватерной колонны, следуя за "Бруклином" и "Массачусетсом", стреляя по укреплениям и крейсеру "Кристобаль Колон".
31 мая "Айова", идя на сей раз сначала с востока на запад головным в кильватерной колонне своего отряда, около часа вёл обстрел испанцев. В обоих боях броненосец не имел потерь и повреждений. 1 июня адмирал Сэмпсон возглавил объединённые американские морские силы возле Сантьяго.
В ночь со 2 на 3 июня броненосец обеспечивал операцию затопления парохода "Мерримак" на фарватере Сантьяго. Он охранял этот старый угольщик до входа в бухту, а его паровой катер шёл следом за "Мерримаком", помогая тому в поисках фарватера. Как писал испанский лейтенант Хозе Мюллер-и-Техейро, 4 июня "Айова" входил в состав эскадры из 17 вымпелов, стоявшей дугой между бухтой Аквадорес и мысом Кабрера на расстоянии примерно 5 миль от берега. Он занимал позицию на фланге рядом с броненосцем "Орегон", отличаясь от того своими высокими трубами и полубаком. Машины "Айова" держал застопоренными, но сносимый течением, систематически возвращался на своё место. 5 июня, согласно записей Мюллера, американская эскадра приблизилась ко входу в бухту.
В дальнейшем "Айова", как и другие броненосцы, продолжал нести дозорную службу возле Сантьяго, находясь в 4-5 милях от входа в бухту на своём штатном месте между "Массачусетсом" и "Нью Йорком". Иногда он отходил для дозаправки.
6 июня корабль в составе восточного отряда под командованием адмирала Сэмпсона участвовал в обстреле фортов Сантьяго и стрелял по укреплениям Морро. Потерь и повреждений при этом не имел. В июне "Айова" вошёл в список т.н. "восточной эскадры коммодора Уатсона", но до конца войны продолжал оставаться возле Кубы. 18 июня "Айова" от Сантьяго ушёл в море, вероятно, к Гуантанамо для пополнения запасов топлива, воды и продовольствия. На рассвете 20 июня броненосец уже продолжал нести службу у входа в бухту.
В соответствии с приказом Сэмпсона от 21 июня, который определял действия кораблей при высадке десанта в Дайкири 22 июня, "Айова", как "Массачусетс", "Бруклин" и "Орегон" должен был оставаться на своём месте, контролируя выход из бухты, чтобы пресечь возможную попытку прорыва испанской эскадры. В этот день все паровые и гребные суда, кроме одной шлюпки, "Айове" следовало направить к флагману, для обеспечения перевозки десанта. По испанским данным, 22 июня "Айова" вместе с "Техасом" и "Бруклином" вели перестрелку с батареями Морро и Сокапа. 23 июня "Айова" вместе с другими броненосными кораблями стоял в 6 милях от входа в бухту Сантьяго.
На рассвете 26 (или 28) июня "Айова" снова уходил от Сантьяго к Гуантанамо для дозаправки, но 29 июня вернулся к Сантьяго, где и находился до боя 3 июля.
Перед боем 3 июля "Айова" находился в центре блокадной линии примерно в 3 милях от форта Морро между броненосцами "Орегон" и "Техас", удерживаясь машинами носом к входу в бухту и имея пар для малого хода. Крейсер "Нью Йорк", который по диспозиции должен был стоять между "Айовой" и "Орегоном", отсутствовал, как и броненосец "Массачусетс", место которого было между "Айовой" и "Техасом".
Увидев выходящие корабли испанцев и прекратив воскресный смотр, командир "Айовы" начал бой, первым из своей эскадры открыв огонь с 30 каб. и пойдя прямо на противника. На расстоянии 12,5 каб. броненосец повернул влево и дал залп правым бортом по крейсеру "Инфанта Мария Тереза". Затем он развернулся в сторону испанцев, а на расстоянии 9,5 каб. повторил манёвр с левым поворотом, снова произведя залп по "Инфанта Мария Тереза". Потом "Айова" опять пошёл прямо на неприятеля, а на расстоянии 7 каб. окончательно развернулся влево и лёг на параллельный с ним курс, открыв огонь по крейсеру "Кристобаль Колон".