Первый лейтенант делил экипаж корабля на вахты, обычно на две: вахта правого борта и вахта левого борта. Таким образом, одновременно обслуживанием корабля занималась половина экипажа. Некоторые капитаны практиковали трехвахтную систему, но таких было мало, поскольку для управления кораблем требовалось много людей и трети экипажа хватало только в том случае, если корабль шел под минимумом парусов в сильный ветер. Иногда nрехвахтную систему вводили как награду для экипажа, или переходили от двух- к трехвахтной системе и обратно в зависимости от обстоятельств. Когда корабль стоял в порту, обычно вводилась четырехвахтная система. Некоторые капитаны считали, что трехвахтная система поощряет лень, а также не позволяет быстро отреагировать в случае внезапного чрезвычайного происшествия. Таким образом, в описываемый период на большинстве кораблей действовала система двух вахт, то есть экипаж был поделен на две равные части. В дневное время на верхней палубе находились обе вахты. Кроме того, в чрезвычайных ситуациях подавался сигнал «все наверх!», когда для управления кораблем требовались усилия всего экипажа. Примерно 7-10 % экипажа (55 человек на корабле 3-го ранга) были освобождены от несения вахт. Вместо этого они выполняли свои обязанности днем. Но по сигналу «все наверх!» и эти матросы присоединялись к управлению кораблем. Среди освобожденных от вахт были различные специалисты: парусные мастера, плотники, мясники, ухаживающие за скотом на борту, помощники канониров, боцманматы и офицерские слуги. Линейный корабль представлял собой сложный организм на минимальной площади, поэтому каждый матрос должен был знать свое место. Жизнь матроса проходила по расписанию, где указывался закрепленный за ним инвентарь, его специальность, место несения вахты и место отдыха.
Каждая вахта делилась на шесть команд по частям корабля. На обычном 74- пушечном корабле 25 матросов обслуживали паруса фок-мачты, 27 — грот- мачты, и 15 — бизань-мачты. Каждый отряд возглавлялся старшиной — командиром марса. Баковые матросы обслуживали якоря и бушприт, тогда как ютовые обслуживали квартердек. Самые неопытные матросы отряжались в команду на шкафут (около 30 человек). В их задачу входило мытье палубы и переноска грузов.