Приезд константинопольского патриарха Иеремии в сопровождении митрополита Иерофея Монемвасийского и архиепископа Арсения Элассонского все же стал великим событием в истории русской церкви. Не приходится сомневаться, что именно Борису Годунову удалось решить главную задачу и убедить константинопольского патриарха и приехавших с ним архиереев учредить новую патриархию в России. В ход был пущен весь арсенал способов достижения цели: за полгода, проведенные в Москве, константинопольский патриарх и его свита испытали многое. Сначала их удивила пышная встреча в Смоленске, куда они попали на большой «двунадесятый» церковный праздник — день Петра и Павла 29 июня 1598 года. Затем их с честью встретили в Москве, разместив на подворье рязанского архиепископа. Был устроен пышный царский прием; занявший русскую кафедру митрополит Иов, не в пример своему предшественнику, соблюдал иерархию и смиренно первым подходил под благословение константинопольского патриарха. При этом, обнадеженные в успехе своей миссии, члены посольства иногда чувствовали себя арестантами, не понимая причин своего стесненного положения. Такова была обычная практика Посольского приказа, пресекавшего любые контакты и попытки получения информации о том, что делается в Московском государстве. Но у московских дипломатов были и другие виды, они усиленно наблюдали за окружением патриарха Иеремии. Монемвасийский митрополит Иерофей пытался удержать его от создания патриаршей кафедры в Москве (впрочем, безуспешно), предвидя будущие соборные затруднения в Константинополе.
Самому константинопольскому патриарху демонстрировали все знаки почета и уважения, особенно зорко следя за соблюдением норм церковного этикета. Правда, настоящую цену московских церемоний патриарх Иеремия узнал тогда, когда, убеждаемый со всех сторон учредить патриаршество, решил остаться в Московском царстве и править здесь. Так было бы проще, но не этого хотели в Москве. Жизнь в Московском царстве, безусловно, облегчила бы участь главы восточной церкви, жаловавшегося на притеснения басурман. Однако царь Федор Иванович не хотел портить отношений со своим «братом» — турецким султаном Мурадом. Постоянное присутствие константинопольского патриарха в Москве могли расценить в Османской империи как вызов и чуть ли не оживление старых претензий русских князей на Царьград. Патриарху Иеремии предложили, если он действительно хочет остаться, ехать во Владимир. Всё это дипломатично обосновывалось тем, что именно во Владимире находилась древняя кафедра русских митрополитов. Переговоры с патриархом «по боярскому приговору» должен был вести боярин и конюший Борис Федорович Годунов. Царь Федор Иванович «велел» ему «о том с патриархом поговорити и с ним посоветовати, возможно ли тому статися, чтобы ему быти в его государьстве в Росийском царьстве в стольном граде в Володимере». Годунов вел переговоры «тайно»; от имени царя он предложил патриарху Иеремии «быти на патриаршестве в нашем государьстве в Росийском царьствии, на владимирьском и всея великия Росии». Патриарх соглашался остаться в Российском царстве, если это было угодно царю Федору Ивановичу, однако настаивал на том, чтобы постоянно находиться в самой Москве. «И яз от того не отмещуся, — отвечал вселенский патриарх Борису Годунову, — толко мне в Володимере бытии не возможно, заиже патриархи бывают при царе всегда, а то что за патреаршество, что жити не при государе, тому статься никак невозможно».
Конечно, если бы в Москве действительно хотели оставить у себя патриарха Иеремию, то пошли бы ему навстречу во всех его пожеланиях. Но мысль о пребывании патриарха Иеремии «на владимерьском и всея Росии патриаршестве» была компромиссом. Оба собеседника хорошо понимали, что тогдашний Владимир представлял из себя захолустье, а настоящий патриарх должен находиться там же, где и царь. Скорее всего предложением переехать во Владимир патриарху Иеремии недвусмысленно намекали, что в Москве не просто желают