Патриарх Иоаким был удостоен высокого царского приема в «золотой подписной палате». Он вручил царю Федору Ивановичу грамоту и дары — частицы мощей святых. В грамоте речь шла о далеких делах антиохийской патриархии, где сместили прежнего патриарха Михаила, запросившего большей власти у константинопольского патриархата. Так в Москве «из первых рук» узнали о сложностях константинопольской кафедры, занятой в тот момент патриархом Феолиптом, который, по характеристике историка церкви А. В. Карташева, «был человек недостойный, матерьялист и интриган» [289]. Для покрытия убытков антиохийского патриархата от случившейся «смуты» и просили «помощи» у царского двора. Во время последовавшего затем торжественного богослужения в Успенском соборе возникла проблемы церковного этикета, намеренно нарушенного русским митрополитом Дионисием. Он первым благословил патриарха. Все произошло быстро и неожиданно, и единственное, на что решился патриарх Иоаким, так это «поговорить слехка» о том, что «пригоже было митрополиту от него благословенье принята наперед» [290]. Однако дело было сделано, и, несмотря на публично высказанное недовольство, просителю милостыни было показано его настоящее место. Тем сложнее было потом заводить какие-либо переговоры о русском патриаршестве. Так гордый митрополит Дионисий, сам не зная того, вмешался в дальние расчеты Бориса Годунова. Стало очевидно, что сперва надо поискать другого, более склонного к соблюдению церковного этикета и более покладистого претендента на московский патриарший престол. Больше встреч патриарха Иоакима с предстоятелем русской церкви не было.
Идея русского патриаршества не была еще предметом официальных переговоров с антиохийским патриархом Иоакимом. В «греческом статейном списке» 1586 года нет ни одного намека на обсуждение других тем, кроме помощи восточной церкви. Хотя, скорее всего, пожелания русского правительства были сформулированы и озвучены уже тогда. Об этом говорится в рукописи, сохранившейся в синодальной книгохранительнице (возможно, что она восходит к патриаршему архиву). В ней описывается порядок переговоров Бориса Годунова с патриархом Иоакимом «о патриаршестве московском всего росийскаго царствия» [291]. Царь Федор Иванович поручил «шурину своему» и советнику просить благословения вселенских патриархов на устройство в Московском государстве патриарха. Именно Борис Годунов, упомянутый по такому поводу с дипломатическим чином «ближнего великого боярина и конюшего и наместника Казаньского и Астороханского», и провел все переговоры. Патриарху Иоакиму было передано решение царя Федора Ивановича и его царицы Ирины, обсудивших с Боярской думой («и с бояры поговорили») возможность устроения «в государьстве нашем Московьском росийскаго государствия патриарха». Патриарха Иоакима просили известить об этом желании московского царя «цареградского» патриарха, чтобы далее глава восточной церкви «посоветовал о таком великом деле с вами со всеми патриархи… и со всем освященным собором» [292]. Патриарх Иоаким отвечал осторожно, что «такому великому достоянию в его Московьском государьстве Росийскаго царьствия пригоже быть». Однако ни в коем случае не брал на себя решение: «то дело великое, всего священного собора» [293].