Дело Бельского было вершено, вероятно, в конце 1600 года. Приблизительно тогда же, по нашему мнению, началось обширное дело Романовых, в которое были затянуты многие родственные Романовым семьи князей Черкасских, князей Сицких, князей Репниных, князя Шестунова, Шереметевых, Карповых и др. По словам летописца, дело началось с доносов. Холопы Романовых правительством всячески понуждались доносить на своих «государей», за которыми Борис счел необходимым установить своего рода полицейский надзор. Однако доносы не давали достаточных поводов для преследования, пока не поступило от казначея Александра Никитича Романова, от Второго Бартенева, заявление, что он готов показать на своего «государя» все, чему его научат. Тогда Семен Никитич Годунов, заведовавший при Борисе политическим сыском и бывший (по выражению Карамзина) «главным клевретом нового тиранства», наложил «всякого корения в мешки» и научил Бартенева подложить их в «казну» Александра Никитича, а потом «известить» правительство об этих «кореньях». Бартенев так и сделал: он «довел», то есть донес, на своего государя, что тот занимается «ведовством», иначе ворожбой, и держит у себя «коренья». Насчет «коренья» в подкрестной записи царю Борису было сказано немало, чтобы «зелья лихого и коренья» не давать никому и ни от кого не принимать во вред царю Борису и его семье и «ведунов и ведуний не добывати на государское на всякое лихо». Когда по обыску коренье у Романовых нашлось, его привезли к патриарху и туда же собрали всю заподозренную в колдовстве семью «Никитичей». У патриарха «бояре же многие на них, аки зверие, пыхаху и кричаху». Этой шумной сценой негодования на «изменников, хотевших царство достати ведовством и кореньем», начался процесс Романовых.
Было бы ошибочно думать, что обнаружение корешков считалось тогда ничтожным поводом для преследования. Обвинение в колдовстве, напротив, было в ту эпоху одним из самых тяжких, и борьба с ведовством составляла серьезную заботу церковной и мирской власти. По словам проф. Новомбергского, «эта борьба отличалась не меньшею жестокостью, чем в Западной Европе: Московская Русь в борьбе с ведунами пережила и повальный терроризирующий сыск, и пытки, и публичное сожжение обвиненных в чародействе». Все это, кроме только сожжения, было применено к Романовскому кругу. Нашли коренье у Александра Никитича, арестовали же всех его «сродников», не только Романовых, но и «свойство» их — Черкасских, Сицких и т. д. Одного из князей Сицких с его семьею даже привезли из Астрахани для допроса и розыска. Особенно же взялись за Федора Никитича и его братьев, а также за князя Ивана Борисовича Черкасского, которого подозревали в чем-то особенно тяжком. Этих лиц «приводима не одинова к пытке» (то есть допрашивали «с пристрастием»), а людей их — тех и на самом деле «пытаху розными пытками», и «помираху многие на пытках». Дело окончилось осуждением подсудимых. Федора Никитича сослали на С. Двину в Антониев Сийский монастырь, предварительно постригши его в монахи, чем навсегда уже лишили его возможности искать престола и мечтать о царском венце. Братьев его и родню также сослали, а жену его Ксению Ивановну и тещу Марию Шестову притом и постригли. Для их стражи и приставов виновные и осужденные были квалифицированы как «злодеи, изменники, хотели царство достати ведовством и кореньем».
Так закончился суд над Романовыми. Из особого «дела о ссылке Романовых» узнаем мы их дальнейшую судьбу: Федор, во иночестве Филарет, Никитич до воцарения самозванца томился в Сийском монастыре; его жена была заточена в Заонежских погостах (между озерами Ладожским и Онежским); его дети, Михаил и Татьяна, вместе с семьею Александра Никитича и теткою княгинею Черкасской были усланы на Бело-озеро, а оттуда в село Клины (около Юрьева- Польского). Александр Никитич был послан «к Студеному морю к усолью, рекомая Луда». Михаила Никитича отвезли в Пермский край и держали в селе Ныробе в тюрьме. Василий Никитич содержался в Яранске, а Иван Никитич — в Пелыме. Изо всех братьев выжили только Филарет и Иван. Остальные умерли в ссылке и, быть может, стали жертвами «простоумной» жестокости их тюремщиков.
Из документов, сохранившихся в «деле» о ссылке Романовых, можно видеть, что правительство Бориса не раз умеряло неразумное усердие приставов, приказывало мягче обращаться с узниками и давать им «корм доволен» и хорошую одежду. Ссыльным разрешено было даже иметь свою прислугу. В 1602 году, в мае, младший из Романовых Иван Никитич был уже обращен из ссылки «на службу» в Нижний Новгород, а в сентябре того же года вместе с князем Черкасским возвращен в Москву. В это же время облегчена была участь и прочих оставшихся в живых их родных, кроме Филарета и его жены. Таким образом, Борис вовсе не хотел добивать Романовых. Своего врага Филарета он обезвредил монашеским клобуком и стерег в монастырской тюрьме; остальные же были ему сами по себе не страшны.
IX