Единственный князь Ф. И. Мстиславский, названный как кандидат, сам решительно отрекался от выбора. Князья молчаливо уступали дорогу к престолу дворцовой знати, и в частности Борису. Но не хотели ему уступить его собственные друзья, ему же обязанные помощью и дружбой в дни испытаний. Борьба повела к диким проявлениям вражды и ненависти. На Бориса его друг Федор Романов обнажил даже нож. На Бориса взвели обвинение в покушении на жизнь Димитрия. Бориса связали с именем покойного царевича и в том смысле, что Борис якобы собирается его воскресить — подставить самозванца, если не выберут самого Бориса, и править именем Димитрия. Если верить известиям сказаний XVII века, что Борис посылал повсюду своих «рачителей», чтобы страхом и «лестью» побуждать всех выбирать на царство именно его, то нельзя не поверить и тому, что против Бориса в свою очередь были пущены сильнейшие средства воздействия до личных насилий и клеветы. Былые друзья превратились в жесточайших врагов, и Борис мог убедиться в том, что с его восшествием на престол и благодаря именно этому восшествию прежний круг дворцовой знати перестал существовать. До этого времени в придворной среде Борис имел против себя княжат, а за себя — своих «крестоклятвенных» друзей; теперь же, с его воцарением, он имел против себя и тех и других. Обратясь в династию, Годуновы оказывались в одиночестве среди знати и должны были всех остерегаться. В этом заключалась главная трудность положения Бориса. Она осложнялась тем, что бывшие друзья, обратившиеся для Бориса в главных врагов, были очень агрессивны и не оставили борьбы даже после формального избрания Бориса. Эпизод с Симеоном Бекбулатовичем очень показателен в этом отношении. Он может объяснить нам, так сказать, психологию дальнейшей борьбы. Вдумавшись в него, можно понять, как борьба могла дойти до самозванщины. Проиграв избирательную кампанию, противники Бориса имели в нем против себя правильно избранного народною волею монарха. Никаким боярским или княжеским именем действовать для его свержения было уже нельзя.
Попробовали тогда выдвинуть лицо, имевшее ранее Бориса титулы «царя» по происхождению от ханов и «великого князя» по пожалованию Грозного. Но это оказалось попыткою с негодными средствами, ибо Симеону (да еще ослепшему) оказалось не под силу тягаться с Борисом. Для этого «царю и великому князю» Симеону недостало ни личного авторитета, ни средств. Но когда не удалась интрига с ослепшим и полузабытым татарским служилым ханом, естественно было домыслиться до того, что против Бориса оставалось только одно средство — попытаться восстановить старую царскую династию, чтобы ею упразднить новую. «Димитрия воскреснувшее имя» произносилось и писалось в письмах в 1598 году; но от Андрея Сапеги нам известно, что вначале оно получило не то употребление, как потом. Вначале, обвиняя Бориса в убийстве царевича, говорили, что он держит у себя самозванца и готов подставить ложного Димитрия вместо себя, если не будет избран на царство. Впоследствии же подставили ложного Димитрия уже против Бориса.
Разумеется, поставленный лицом к лицу с такими противниками, Борис понимал всю трудность своего положения: и свое политическое одиночество, и агрессивность своих врагов, и затруднительность борьбы с ними. Если бы Борис имел против себя сословную оппозицию княжат, он мог бы действовать против нее опричнинским террором, якобы в целях государственного порядка. Если бы против него была политическая партия, с ней была бы возможна открытая борьба. А против отдельных лиц и семей, недавно дружеских и близких, всякая карательная мера казалась бы низкой местью и роняла бы достоинство власти. Борис не уронил себя настолько, чтобы тотчас же прибегнуть к этой мести; но он не в силах был и вовсе от нее воздержаться. Он дождался случая, когда мог предъявить Бельскому и Романовым формальное обвинение, и тогда не пощадил их. С. М. Соловьев беспощадно упрекает Бориса за его мелочность и «завистную злобу к своим старым соперникам»; но знакомство с позднее обнародованными документами ведет к иному суждению. Борис, конечно, мог быть великодушнее и милостивее, но его месть практически запоздала: чтобы обезвредить своих ненавистников, он должен был бы покарать их гораздо раньше, чем он это сделал. Его кара не предупредила того, что было направлено на его погибель и что действительно погубило и его самого, и его семью.