Романовы и Бельский, кажется, были целы и невредимы, когда в Москве пронесся первый слух о появлении самозванца за рубежом. В первые месяцы своего царствования Борис даже наградил Александра Никитича Романова саном боярина, а Михаила Никитича сделал окольничим (старший Романов, Федор Никитич, получил боярство еще при царе Федоре Ивановиче). Но в конце 1600-го или начале 1601 года над Бельским и Романовыми разразилась гроза государевой опалы. Ученые колеблются в хронологии событий. Ряд известий говорит, что как раз в это время, в 1600–1601 годах, разнеслась молва «о Димитрии Ивановиче», был сослан Бельский, были сосланы Романовы, но в какое взаимное отношение по времени должны быть поставлены эти факты, решить точно нельзя. Во время сыска (то есть следствия) над боярами им не предъявлялось обвинения в том, что они создали самозванца, и потому данные о Бельском и Романовых не дают оснований связывать их опалу и ссылку с самозванщиной, хотя бы она и началась одновременно с разгромом боярских семей. Но косвенные соображения, которые приведены ниже, устанавливают возможность и вероятность этой связи. Борис, по словам одного современника, узнав о появлении самозванца, «сказал князьям и боярам в глаза, что это было их дело» («В чем и не ошибся», — прибавляет этот современник от себя). Не имея прямых данных настаивать на существовании связи между самозванщиной и гонением на бояр, не можем также решить, кто пострадал раньше от Бориса: Бельский или Романовы, так как точно установить время следствия над Бельским нет возможности. «Новый летописец» рассказывает о разгроме Романовых ранее, чем об опале на Бельского; а современник Буссов (составивший любопытнейшую «хронику» московских событий) помещает известие о Романовых позже рассказа о наказании Бельского.
Дело Бельского, как и все, связанные с именем этого авантюриста, представляется малопонятным. По летописцу, дело было так. Борис послал Бельского на «дикое поле» на р. Донец, на устье р. Оскола, ставить на Донце «Новый Царев Борисов город». Наказ Бельскому был дан летом 1600 года[10]. Летописец говорит, что на далекий юг, служивший для Бельского, очевидно, местом почетной высылки из Москвы, Бельский, «человек богатый», пошел «с великим богатством» и «всяким запасом». Работы на месте он начал «своим двором», то есть частными средствами и своими людьми, а всей рати, посланной с ним, велел затем делать крепость «с того образца», то есть по образцу, данному его двором. Таким образом, «двор» Бельского, его люди и холопы, стали на виду в Цареве Борисове городе, как ранее были на виду и бросались в глаза в Москве, когда в 1598 году Бельский поспешил туда «с великим людом» на царское избрание. А кроме того, могла возбудить подозрение та приветливость, какую Бельский показывал всей рати, посланной с ним в новый город. Он ее поил, кормил и дарил деньгами, платьем и запасами. Его, конечно, благодарили и хвалили, а он, по слухам, величался, говоря, что царь Борис на Москве царь, а он царь в Цареве-Борисове. Слухи дошли и до Москвы, и «пройде на Москве про его от ратных людей хвала велия о его добродетели» (как уклончиво выразился летописец). Эта «хвала велия», принявшая форму доносов, смутила Бориса: в нем уже, по словам Тимофеева, было готово подозрение против Бельского, что он желает царства. Бельского вызвали в Москву, допрашивали с унижением и, как говорят, с пытками, лишили думного чина, окольничества, конфисковали имущество, распустили его «двор», подвергли его даже телесному наказанию и сослали в низовые города, на Волгу, в тюрьму. В Поволжье Бельский и пробыл до смерти Бориса и воцарения самозванца, который оказал ему большую милость и возвел в бояре.