Моонзундский архипелаг отделен от побережья Латвии Ирбенским проливом, соединяющим Рижский залив и Балтийское море, и от побережья Эстонии Моонзундским (Вяйнамери) проливом. Перед нападением Германии на СССР на островах дислоцировались 3-я стрелковая бригада Северо-Западного фронта численностью 15 тыс. человек и части береговой обороны Балтийского района. Здесь имелись аэродромы, с которых советская дальнебомбардировочная авиация наносила удары по Берлину. При написании раздела о Моонзундских островах нами использованы книги Александра Алексеевича Чернышева «1941 год на Балтике: подвиг и трагедия» и Сергея Борисовича Булдыгина «Моонзунд 1941. “Русский солдат сражается упорно и храбро…”».
29 июня народный комиссар ВМФ адмирал Н. Г. Кузнецов приказал Военному совету флота острова Сааремаа и Хиума оборонять независимо от обстановки на сухопутном фронте. Он предлагал сосредоточить в районе архипелага четыре эскадренных миноносца, дивизион малых подводных лодок, два тральщика, отряд торпедных катеров и сторожевые катера ОВР (охрана водного района), объединить эти силы под общим командованием и возложить на них оборону входа в Рижский залив.
После ухода Отряда лёгких сил в Моонзунде были оставлены эсминцы «Сердитый», «Смелый» и «Энгельс». 2 июля в Моонзунде была организована Прибалтийская военно-морская база под командованием контр-адмирала П. А. Трайнина. Она включила в себя береговую оборону Балтийского района (БОБР), отряд торпедных катеров, вновь организованную охрану водного района Моонзунда (ОВР) и военный порт Рохукюля. Командиру базы была также подчинена авиация, базировавшаяся на островах, и оперативно подчинена эскадрилья бомбардировщиков 73-го полка, находившаяся в Пярну. Корабли отряда легких сил, участвовавшие в обороне островов и Рижского залива, были оперативно подчинены командиру базы, а подводные лодки – командиру бригады подводных лодок. Единый командир обороны Рижского залива, несмотря на указания Н. Г. Кузнецова, так и не был определен.
26 июля нарком Военно-морского флота Н. Г. Кузнецов вместе с командующим авиацией Балтийского флота С. Ф. Жаворонковым предложили Сталину бомбить Берлин силами Военно-морской авиации Балтийского флота с аэродрома Кагул на острове Эзель – самой западной на тот момент точки суши, контролировавшейся советскими войсками. Операция была поручена 1-му минно-торпедному авиационному полку 8-й авиабригады ВВС Балтфлота, который в начале августа был перебазирован на Моонзундский архипелаг. В период с 7 августа по 5 сентября советские бомбардировщики ДБ-3, ДБ-ЗФ (Ил-4), ТБ-7 и Ер-2 ВВС Балтийского флота и ВВС РККА совершили 10 групповых налётов на Берлин и запасные цели. Всего было сброшено 311 бомб общим весом 36 050 кг, в том числе на Берлин – 21 тонна. Потери советской авиации составили 17 самолётов.
С конца июля немецкая авиация начала минирование рейдов и фарватеров Моонзунда и стала наносить систематические удары по островам. Только эсминец «Стерегущий» с 12 по 31 июля отразил 54 атаки самолетов, во время которых на него было сброшено 130 бомб. 1 и 2 августа немцы сбросили с самолетов мины в проливе Хари-Курк, на рейде Рохукюля, в проливе Вире-Курк и на рейде Триги, где четыре мины упали между стоявшими там кораблями.
Было решено поставить несколько минных заграждений на сообщениях противника вдоль южного берега Ирбенского пролива, прижимаясь к которому немцы могли организовать плавание своих кораблей. Однако не было организовано воздушной разведки. Корабли не имели плана действий на случай встречи с противником, что и сыграло свою роль при встрече с германскими эсминцами. Эсминцу «Сильный» пришлось сбрасывать мины во время боя под артиллерийским огнем противника. Эсминец «Сердитый» мог бы связать боем противника и дать возможность «Сильному» освободиться от мин, не участвуя в бою, но не сделал этого. В результате немецкие корабли без потерь прибыли в Ригу. Четыре советских эсминца, имея подавляющее превосходство в артиллерии (8 130-мм и 6 102-мм орудий против 7 105-мм) и в скорости, не смогли не только уничтожить, но даже повредить или заставить свернуть с курса три немецких.
В конце августа флот ушел из Моонзунда. Противник уже захватил оба берега Рижского залива и подошел к Таллину, что сделало морскую оборону Рижского залива невозможной. Он так и не смог помешать проходу неприятельских конвоев в Ригу. Советский флот потерял в Рижском заливе три новейших, только накануне войны вступивших в строй эсминца («Смелый», «Сердитый», «Статный») и несколько малых кораблей. Другие корабли получили тяжелые повреждения, в том числе эсминец «Сторожевой». После ухода флота из Таллина в Кронштадт 27–29 августа снабжение авиагруппы стало невозможным и налёты на Берлин пришлось прекратить.