Больше того, Константинопольский патриарх Григорий V отлучил от Церкви участников восстания. Впрочем, другого выхода у него не было. Таким образом он стремился спасти греков от массовых репрессий со стороны разъяренного султана. Для последнего это была измена. Он мог обвинить в ней целый народ с соответствующими роковыми последствиями. Свою судьбу патриарх, при этом, предвидел. Судя по всему, он знал о готовящемся восстании. И хотя сам он был сторонником проекта постепенной трансформации Османской империи в Византийскую, разумеется, не мог не сочувствовать и восставшим. При этом, естественно, ответственность за действия этеристов неизбежно ложилась на него, как на главу православного милета, этнарха. И он отказался заблаговременно покинуть Константинополь, зная, что будет казнен…
Историк церкви Иван Соколов писал:
Следом были казнены два митрополита и двенадцать епископов. Затем гнев султана обрушился на мирян – великого драгомана Мурусси и его брата. А за ними последовали все главные фанариоты. Так, погиб неовизантийский проект. А за проект независимой Греции, тем временем разворачивалась кровавая борьба.
В битве с многократно превосходящими силами турок отряд Ипсиланти был разгромлен. Сам он скрылся на Австрийскую территорию, где был схвачен и заключен в тюрьму. Его сподвижники продолжали отчаянную борьбу. Георгакис Олимпиос и Янис Формакис со своими соратниками были окружены турками в монастыре Секку. Две недели они держали оборону. Но 23 сентября Формакис и его бойцы, под гарантии сохранения жизни сдались. Олимпиос и одиннадцать его бойцов забаррикадировались на колокольне, и когда турки ворвались на монастырский двор, взорвали себя и врагов. Все сдавшиеся в плен, несмотря на обещания о помиловании, были казнены.
Проблема этеристов была в том, что борьбу греков за независимость не желали поддерживать прочие порабощенные османами народы. И румыны, и сербы, и болгары за годы оккупации возненавидели фанариотов ничуть не меньше, чем самих турок. Ведь, греков они воспринимали тоже как угнетателей на службе османов.