«Важная и значительная фигура » буквально сгорает от любви к своей жене Жозефине и тает у её ног как воск. Дезире Клари, узнав о женитьбе Наполеона, пребывает в самых смятенных чувствах, она оскорблена, растеряна и безнадёжна. Она решается написать ему об этом и отправляет в Париж длинное, полное упрёков письмо: «...Яу которая после разлуки почти целый год верила в своё счастье у я, которая надеялась... стать самой счастливой женщиной в мире — вашей женой... В своём счастье не забывайте, однако у бедную Эу гению и скорбите о её судьбе ». Письмо производит на новобрачного сильное впечатление, он чувствует свою вину и вполне серьёзно воспринимает её девичье горе. Нужно во что бы то ни стало компенсировать Дезире потерю жениха и помочь ей утешиться195.
В это время Жозеф назначается послом Республики при папском престоле в Риме. 31 августа он прибывает в Рим и приступает к своим обязанностям. Директория поручила ему совершить в Риме бескровный тихий переворот и учредить там республиканские порядки. Жозеф не в восторге от этого задания, тем более что набожная супруга сдерживает его антипапские порывы и отговаривает от резких шагов. Жозеф плывёт по воле событий и наслаждается жизнью. С папой Пием VI у него хорошие отношения, ему удаётся даже представить папе свою тёщу и свояченицу Дезире, которые приехали к нему в гости.
В ноябре 1795 года к Жозефу из штаб-квартиры французской армии в северной Италии прибывает генерал Дюфо с рекомендациями от своего шефа генерала Наполеона. Рекомендации однозначны: Жозеф должен устроить брак Дюфо с Дезире Клари, ибо Дюфо — «прекрасный офицер ». Дезире, зарекавшаяся после романа с Наполеоном выходить замуж, — вполне здоровая девушка и к предложению свояка Жозефа относится вполне благосклонно. Генерал Дюфо не только прекрасный офицер, но и прекрасный человек. Скоро она обручается с ним, и дело идёт к свадьбе. 27 декабря в Риме начинается восстание против французов, и Дюфо убивают восставшие прямо на глазах у невесты. Жозеф Бонапарт вместе с женой, тёщей и свояченицей вынужден спасаться бегством в Милан под защиту французской армии. Здесь в Милане Бернадот знакомится со старшим Бонапартом.
Дезире, уже будучи королевой Швеции, утверждала, что никогда не собиралась выходить замуж за Дюфо, но она многое утверждала за свою жизнь, что не всегда соответствовало истине. После смерти Дюфо Наполеон не прекратил своих попыток «осчастливить» брошенную невесту и предложил ей в женихи сначала генерала Мармона, происходившего из знатной дворянской семьи и ставшего впоследствии маршалом и герцогом Рагузским, а потом забияку Андоха Жюно, будущего герцога Абрант , который женится на Лауре Пермон, дочери близкой знакомой Наполеона, но Дезире их отвергла.
После Рима Жозефа Бонапарта избрали в Совет пятисот, и Дезире, следуя за Жюли, вместе со всей семьёй переехала в Париж. Здесь летом 1798 года на её пути встретился ещё один генерал, её земляк Жан Поль Батист Бернадот, только что закончивший свою недолгую дипломатическую карьеру в Вене. О страстной любви между ними речи не было. Кажется, со стороны семьи Клари и их зятя Жозефа Бонапарта было ярко выражено желание «прилично пристроить» младшую сестру Жюли. Старший Бонапарт искал себе опору в самых разных кругах, а родство с Бернадотом было в этом отношении очень полезным. Не возражал укрепить свои позиции в обществе и Бернадот. Сама Дезире позже писала, что дала согласие на брак с Бернадотом, потому что он мог остановить Наполеона. Возможно, в этом признании содержатся оценки позднего времени, но в том, что поначалу это был брак по расчёту, нет никакого сомнения. А потом Дезире, кажется, влюбилась в своего жениха, а жених, ставший мужем, со временем, кажется, полюбил свою жену.
Дезире продолжала страшно ревновать Жозефину к Наполеону, она долго не могла простить её за то, что та отняла у неё жениха, и всегда называла её «старухой ». Находясь в ссылке на острове Св. Елены, Наполеон утверждал, что и Бернадот относился к нему враждебно именно потому, что он был у Дезире первым.
В самом начале своей совместной жизни оба супруга решили владеть каждый своим имуществом в отдельности и составили брачный контракт. Это было необычно во Франции, а уж в Швеции, где женщины не имели голоса, вообще немыслимо. Брак был гражданским и в церкви никогда освящён не был, хотя некоторые биографы (Блумберг и др.) утверждают, что бракосочетание происходило в церкви, что с учётом революционного времени и гонения на церковников представляется маловероятным. Кстати, никаких данных о крещении их сына Оскара также найдено не было — вероятно, потому, что обряд свершён не был.