Главой Первого Главного Управления Берия рекомендовал тогдашнего наркома боеприпасов генерал-полковника Б.Л. Ванникова, арестованного, как мы помним, в 41-м по «делу авиаторов». Борис Львович во всем признался, хотя ни в чем и не был виноват. Но, в отличие от Штерна, Смушкевича, Локтионова и других генералов, которых ждала пуля в куйбышевском подвале, Ванников уцелел. Сталин решил, что такой ценный специалист еще пригодится. Ванникова выпустили, и он успешно трудился всю войну на посту заместителя наркома вооружений, а потом — наркома боеприпасов. Генерал понимал, что малейшая оплошность может привести к последствиям гораздо худшим, чем в 41-м, и требованиям Лаврентия Павловича, сначала как члена ГКО, а потом как главы Спецкомитета, подчинялся беспрекословно. Правда, по возможности старался переложить ответственность на других. По воспоминаниям участников атомного проекта, Борис Львович часто заболевал перед важными испытаниями. А уж интриговать против своего благодетеля Лаврентия Павловича, в свое время вытащившего его из тюрьмы, у Ванникова и мысли не было. Что-что, а кадры подбирать Берия умел.
По воспоминаниям Ванникова, Сталин предложил именно его кандидатуру на пост председателя Технического совета при Спецкомитете, куда вошли известные ученые-ядерщики. Иосиф Виссарионович так мотивировал это предложение: «Давайте назначим председателем Ученого совета тов. Ванникова, у него получится хорошо, его будут слушаться и Иоффе, и Капица, а если не будут — у него рука крепкая; к тому же он известен в нашей стране, его знают специалисты промышленности и военные».
Однако тут приключилось непредвиденное. Гордый и независимый Петр Леонидович Капица, лучший ученик ли друг великого Резерфорда, не захотел слушаться ни Ванникова, ни самого Берию. 3 октября 1945 года он написал жалобу Сталину: «Товарища Берия мало заботит репутация наших ученых (твое, дескать, дело изобретать, исследовать, а зачем тебе репутация). Теперь столкнувшись с тов. Берия по Особому комитету (Спецкомитету. — /Б. С./), я особенно ясно почувствовал недопустимость его отношения к ученым. Уже пора товарищам типа тов. Берия начинать учиться уважению к ученым. Все это заставляет меня ясно почувствовать, что пока еще не настало время в нашей стране для тесного и плодотворного сотрудничества политических сил с учеными».
А 25 ноября 1945 года последовало новое, еще более резкое послание Капицы Сталину, в котором он просил освободить его «от участия в Особом комитете и Техническом Совете». Академик следующим образом мотивировал свою просьбу: «Товарищи Берия, Маленков, Вознесенский ведут себя в Особом Комитете как сверхчеловеки. В особенности тов. Берия. У тов. Берия основная слабость в том, что дирижер должен не только махать палочкой, но и понимать партитуру. С этим у Берия слабо. Товарищ Ванников и другие из Техсовета мне напоминают того гражданина из анекдота, который, не веря врачам, пил в Ессентуках все минеральные воды подряд в надежде, что одна из них поможет».
Капица подверг деятельность Спецкомитета резкой критике: «В организации работы по атомной бомбе, мне кажется, есть много ненормального. Во всяком случае, то, что делается сейчас, не есть кратчайший и наиболее дешевый путь к ее созданию. Но если стремиться к быстрому успеху, то всегда путь к победе будет связан с риском и с концентрацией удара главных сил по весьма ограниченному и хорошо выбранному направлению. По этому вопросу у меня нет согласия с товарищами. Единственный путь тут — единоличное решение, как у главнокомандующего, и более узкий военный совет».
Сталин тотчас ознакомил с письмом Капицы от 26 ноября Берию. И Лаврентий Павлович тотчас позвонил строптивому академику, очевидно, получив от Сталина указание постараться наладить с ним отношения. Вот как передает со слов Капицы содержание этого разговора его друг — выдающийся режиссер Юрий Петрович Любимов: «Когда Петр Леонидович сказал Берии по телефону: "Если вам надо поговорить со мной, то вы и приезжайте." — он знал, что рискует, сильно рискует, но зато он не будет связан с бандитом».
Любимов так прокомментировал этот поступок академика: «Я уже тогда, когда он рассказал мне о своем разговоре с Берией, понял, что-то была вовсе не отчаянная, безумная храбрость, которая ничего не дает — кроме ареста. Он все рассчитал, включая и письма свои к Сталину, в которых он писал, что Берия — дирижер, не умеющий читать партитуру. Все рассчитал и пришел к выводу, что он это должен сделать. Зато ему потом будет гораздо спокойнее. Не будет грызть совесть. И ему не придется работать с Берией. Вместе с ним создавать советскую атомную бомбу». Такой наглости, разумеется, ни Лаврентий Павлович, ни Иосиф Виссарионович стерпеть, естественно, не смогли. Уже 21 декабря 1945 года Капицу вывели из состава Технического Совета и Спецкомитета.