20 августа 1945 года по инициативе Лаврентия Павловича постановлением ГКО был образован Специальный комитет. В него вошли: Л.П. Берия (председатель), Б.Л. Ванников (заместитель председателя, нарком боеприпасов), кандидаты в члены Политбюро Г.М. Маленков (секретарь ЦК) и Н.А. Вознесенский (председатель Госплана и зампред Совмина), А.П. Завенягин (заместитель наркома внутренних дел), М.Г. Первухин (нарком химической промышленности) и «атомные академики» И.В. Курчатов, А.Ф. Иоффе и П.Л. Капица. Членом Спецкомитета и его секретарем стал также заместитель наркома боеприпасов и помощник Берии как члена ГКО В.А. Махнев.
На Спецкомитет возлагалось «руководство всеми работами по использованию внутриатомной энергии урана: развитие научно-исследовательских работ в этой области; широкое развертывание геологических разведок и создание сырьевой базы СССР по добыче урана, а также использование урановых месторождений за пределами СССР (в Болгарии, Чехословакии и других странах); организацию промышленности по переработке урана, производству специального оборудования и материалов, связанных ос использованием внутриатомной энергии; а также строительство атомно-энергетических установок и разработку и производство атомной бомбы». Председателем Спецкомитета назначили Берию. По этой линии, как член Спецкомитета, ему подчинялся даже Г.М. Маленков, второй человек в партийном руководстве после Сталина.
На атомный проект Сталин не жалел ни денег, ни людей. Для него в тот момент это была главная задача, сравнимая по своему значению только с победой над Германией. Но и спрос с участников, это Лаврентий Павлович хорошо понимал, будет особый. Если не удастся быстро сделать бомбу, то полетят головы, ни его в первую очередь. Объявят американским, британским, мусаватистским или турецким шпионом, заговорщиком, умышленно затягивающим создание столь нужного СССР ядерного оружия — и пожалуйте на тот свет вслед за Генрихом Ягодой и Николаем Ежовым.
И Лаврентий Павлович успел сделать бомбу в кратчайший срок, прежде всего благодаря достижениям советской научно-технической разведки, подчинявшейся в тот период ему лично. 13-й пункт постановления о Спецкомитете так и гласил: «Поручить тов. Берия принять меры к организации закордонной разведывательной работы по получению более полной технической и экономической информации об урановой промышленности и атомных бомбах, возложив на него руководство всей разведывательной работой в этой области, проводимой органами разведки (НКГБ, РУКА (Разведывательное Управление Красной Армии. — хороша аббревиатура!/ — Б. С. - и др.)». Таким образом Берии тогда была подчинена вся разведывательная работа по сбору информации о ядерном, а потом и о термоядерном оружии. Хотя, формально говоря, в тот момент разведка входила в состав НКГБ, потом, с мая 1947 года, — в состав Комитета информации при Совмине, объединившем все разведывательные службы, а с октября 1949 года — опять в состав МГБ. Однако вплоть до ареста «лубянского маршала» в июне 1953 года все структуры, занимавшиеся атомным шпионажем, подчинялись только Берии.
Тем же постановлением по предложению Лаврентия Павловича создавалось Первое Главное Управление, практически координировавшее деятельность различных ведомств, участвовавших в атомном проекте, и контролировавшееся только Спецкомитетом. Вскоре появилось и Второе Главное Управление, занимавшееся разработкой и производством ракетного оружия — будущего средства доставки атомных и водородных зарядов. Его деятельность также курировал Спецкомитет и лично Берия.
Под началом Второго Главного Управления работал и сын Берии Серго Лаврентьевич, конструировавший ракеты морского базирования. И, как видно из публикуемого в приложении письма академика Г.В. Коренева, Берия-младший не брезговал банальным плагиатом, вполне возможно, при попустительстве отца. Абсолютная секретность темы тому благоприятствовала. Правда, не исключено, что Лаврентий Павлович все же не знал о проделках своего отпрыска. Тем не менее письмо Коренева объясняет, почему после освобождения Серго Лаврентьевич не рискнул добиваться восстановления своих кандидатской и докторской степени, а предпочел заново защитить кандидатскую диссертацию на другую тему.
В постановлении о создании ПГУ особо подчеркивалось: «Никакие организации, учреждения и лица без особого разрешения ГКО не имеют права вмешиваться в административно-хозяйственную и оперативную деятельность Первого Управления, его предприятий и учреждений или требовать справок о его работе или работах, выполняемых по заказам Первого Главного Управления. Вся отчетность по указанным работам направляется только Специальному Комитету при ГКО».