В конце июня 1943 года член британского кабинета Лео Амери сообщает вернувшемуся в Лондон Вейцману о создании правительственного комитета для формирования новой палестинской политики и что одним из рассматриваемых решений является установление еврейского государства не только в Самарии, но и в других регионах, на что Вейцман отвечает: «Слишком мало и слишком поздно». Бен-Гурион снова в ярости, поскольку его противник проводит в Лондоне собственную политику и встречается с английскими руководителями, в то время как Исполнительный комитет в Иерусалиме, держась в стороне, лишь изредка получает от него письменные отчеты. Тогда Моше Шарет и Берл Локкер отправляют Вейцману телеграмму с просьбой приехать как можно скорее. Он снова отказывается, веря, что центр сионистской деятельности снова находится в Лондоне; своим друзьям он объясняет, что «не хочет противостоять Палестине и никогда не сядет за один стол с Бен-Гурионом». Получив такой ответ, во время заседания сионистского Исполнительного комитета в Иерусалиме Бен-Гурион встает и заявляет о своей отставке. Этот поступок вызывает в Палестине настоящую сенсацию, отголоски которой доходят до Вейцмана. Он утверждает, что о причинах негодования Бен-Гуриона ему ничего не известно и приглашает палестинскую делегацию приехать в Лондон: «Чтобы ни случилось с Бен-Гурионом, с ним я сотрудничать не буду. Для меня это просто невозможно».
В течение двух последующих месяцев Политический комитет и Центральный комитет «Мапай» проводят ряд совещаний, на которых нападки Бен-Гуриона на Вейцмана становятся все более и более резкими. Впервые он прослеживает историю их бурных взаимоотношений и делает вывод: «Наилучшим решением было бы исключить его из любых видов политической деятельности, но не из сионистского движения». Даже Моше Шарет, который не согласен с выводами Бен-Гуриона, должен согласиться, что он справедливо оценивает ошибки Вейцмана. Однако Бен-Гуриону не удается убедить товарищей в необходимости нейтрализовать Вейцмана. Слабость его позиции объясняется его экстремизмом. В самом деле, он отказывается рассмотреть любой компромиссный вариант или попытку, способную принудить Вейцмана к сотрудничеству с коллегами. Видя, что Бен-Гурион упорствует в своем негативном к нему отношении, Каценельсон теряет терпение и старается его сдержать, умоляя взять назад заявление об отставке.
Такой поворот в борьбе против Вейцмана придает силы Бен-Гуриону, поскольку по сравнению с прошлым годом, он уже не чувствует себя в полной изоляции. Уступая настояниям своих лондонских коллег, Вейцман даже отсылает ему телеграмму с просьбой вернуться к своему решению. Если Бен-Гуриону пока не удалось поколебать преимущественное положение Вейцмана, он тем не менее нарушил равновесие сил, склонив чашу весов в свою пользу.
Но передышка длится недолго, и не проходит и недели, как он сталкивается с инакомыслием в своей партии. Официально созданная в конце 1938 года и состоящая по большей части из представителей движения киббуцов, авангарда социалистического движения, «фракция В» настаивает на яростной борьбе с Великобританией и создании еврейских сил самообороны. До этого она была объективным союзником Бен-Гуриона, противясь разделению Палестины, которому открыто предпочитала расплывчатый проект международных полномочий на всей территории страны. Она отклонила план Пиля 1937 года и считала, что Билтморская программа может привести только к дроблению. Окончательный разрыв произошел в марте 1944 года на конгрессе «Мапай», когда «фракция В» отделилась и приняла название партии «Единство труда», которую ранее основали Бен-Гурион, Каценельсон и Ицхак (Иосиф) Табенкин. Последний — руководитель «фракции В» — привел с собой многочисленных активных союзников Бен-Гуриона, самых уважаемых руководителей киббуцов, самых блестящих офицеров «Пальмаха», элиту «Хаганы». Испытания следовали одно за другим… Но самая тяжелая утрата ожидала его летом 1944 года…
Глубокой ночью 15 августа 1944 года его будит Давид Хакоен, известный деятель Рабочей партии, от которого он узнает о смерти Берла Каценельсона. От неожиданности он падает навзничь, затем встает с безумным взглядом. Внезапно лицо его искажает ужасная гримаса и он валится на кровать. Хакоен поражен силой его реакции:
«Укрывшись с головой одеялом, он стонал как раненое животное… Это было ужасно. Никогда раньше мне не доводилось видеть настолько страдающего человека. Он катался по кровати и бился головой о матрас, бормоча: «Берл, без Берла. Разве можно без Берла? Берл, как же мне жить без тебя?».