Но в это время из котельных и машинных отделений сообщили, что люди теряют сознание на своих постах от густого дыма и жары. После этого пришлось эвакуировать всю машинную команду. Регуляторы турбин были установлены так, чтобы корабль сохранил скорость 8 узлов. Но в 9.45 отказало рулевое управление, а через 15 минут «Франклин» остановился. Крен на правый борт медленно увеличивался, и корабль начало разворачивать в этом направлении, поэтому «Санта Фе» не мог больше оставаться у борта авианосца. Как только «Франклин» занял устойчивое положение, крейсер снова подошел к его правому борту и, подрабатывая машинами, постарался удержать авианосец на месте. Все раненые, летный состав, буквально все, кто не был нужен для борьбы с пожарами, были переведены на борт крейсера. Когда в 12.25 «Санта Фе» отошел от «Франклина», у него на борту находились 833 человека команды авианосца. Пока крейсер стоял у борта авианосца, его орудия, катапульта и надстройки были слегка помяты. Один из эсминцев, шедший в кильватер «Франклину», подобрал из воды нескольких человек и спас группу моряков, которую огонь отрезал на корме авианосца.
Воздушный патруль и зенитный огонь с других кораблей защитили «Франклин», пока он боролся с огнем. В 12.54 один «Джуди» сбросил бомбу на корабль, однако она взорвалась в 200 ярдах от цели. Хотя потерявший ход «Франклин» находился всего в 55 милях от берегов Японии, вражеские самолеты так и не смогли добить его.
Когда отошел «Санта Фе», подошел тяжелый крейсер «Питтсбург» и завел буксирный трос на «Франклин». «Питтсбург» повел поврежденный авианосец на юг. Взрывы продолжали сотрясать «Франклин», но пожары были взяты под контроль, и крен остановился на 13o. Весь день и всю ночь эсминцы подходили к борту авианосца, чтобы помочь тушить то и дело вспыхивающие на корме пожары.
Машинная команда и аварийная партия вернулись в одно из котельных отделений, и к раннему утру 20 марта они сумели зажечь 3 из 8 котлов авианосца. «Франклин» сумел развить «скорость» 2 узла, что позволило «Питтсбургу» увеличить скорость буксировки до 6 узлов. Но буксировка оставалась сложной из-за сильного крена авианосца. Контрзатопление оказалось чересчур успешным, и в 14.00 корабль резко перевалился на левый борт, да так и остановился с креном 10o на противоположный борт.
20 марта в 9.32 было восстановлено управление кораблем с мостика, хотя на «Франклине» не осталось ни одного исправного компаса. Через полчаса заработали 4 котла, и винты сделали первые обороты. Авианосец уже мог дать 6 узлов, хотя все еще шел на буксире. К полудню «Франклин» уже мог развить 14 узлов, а еще через полчаса «Питтсбург» отдал буксир. «Франклин» самостоятельно пошел прочь от берегов Японии. Ночью 20/21 марта он развил скорость 18 узлов. В течение следующего дня скорость несколько раз падала из-за проблем со снабжением котлов пресной водой. Вдобавок к топливу примешалась морская вода. К части орудий стали расчеты, на мостике был установлен переносной радар. Для связи использовали обычный радиоприемник на батареях и переносной передатчик «уоки-токи».
В течение ночи 21/22 марта «Франклин» уже двигался со средней скоростью 19 узлов. Временами в кормовой части огонь еще вырывался наружу, так как топливная система корабля дала течь. Но каждый раз пламя быстро тушили. 22 марта к 7.00 крен уменьшился до 6o. «Франклин» и 3 эсминца, шедшие впереди Оперативной группы 58.2, направились на Улити. Из всего экипажа на авианосце работало около 400 человек. В это время на борту находились еще человек 200, однако они пока не могли приступить к исполнению своих обязанностей. Днем 24 марта «Франклин», за которым двигались «Энтерпрайз» и «Уосп», вошел в лагуну Улити. В 14.14 был брошен якорь.
Капитан 1 ранга Герес и его отважный экипаж спасли корабль. Он получил самые тяжелые повреждения среди всех авианосцев, которые все-таки уцелели. На «Франклине» погибли 832 человека, еще 270 были ранены. Среди уцелевших был корабельный капеллан капитан-лейтенант Джозеф О’Каллахан, который не только отдал последнюю дань погибшим, но и умело руководил пожарной партией, подвергаясь большому риску. За свои действия он был награжден Медалью почета конгресса.
С Улити «Франклин» направился в Пирл-Харбор, а оттуда – прямо в Нью-Йорк.
После атак Кюсю и японских кораблей во Внутреннем море Быстроходное авианосное соединение отошло к Окинаве. Пилоты авианосцев заявили, что в ходе 2 дней атак уничтожили в воздухе и на земле 482 японских самолета.
В полдень 20 марта уходящие американские корабли были снова атакованы японскими самолетами. Основной удар опять пришелся по Оперативной Группе 58.2. В 14.54 «Хэнкок» открыл огонь по пикирующему на него «Зеро». Самолет получил несколько попаданий и промахнулся по авианосцу, но врезался в эсминец, который отходил от «Хэнкока», приняв топливо. Бомба камикадзэ пробила корпус эсминца, но не взорвалась. Корабль был серьезно поврежден, но уцелел.