Вслед за авианосными самолетами в Рабаул были посланы несколько крейсеров и эсминцев, которые должны были помешать действиям американских кораблей на Соломоновых островах. Крейсера прибыли в Рабаул утром 5 ноября, а уже днем 2 авианосца адмирала Шермана («Саратога» и «Принстон») нанесли удар по этому порту. 4 японских тяжелых крейсера были серьезно повреждены, а от 25 до 50 японских самолетов были уничтожены. Через 6 дней самолеты американских авианосцев контр-адмиралов Шермана и Монтгомери нанесли повторный удар по Рабаулу. Были повреждены еще несколько кораблей и уничтожены еще примерно 40 самолетов.
Два американских налета на Рабаул дорого обошлись адмиралу Кога. 1 эсминец был потоплен, а 7 крейсеров и 3 эсминца повреждены, большинство находившихся там авианосных самолетов были уничтожены. Затем 20 ноября 1943 года американские войска высадились на Макине и Тараве. Объединенный Флот не мог остановить американское наступление в центре Тихого океана, так как просто не имел для этого сил.
6 месяцев потребовалось японцам, чтобы заново укомплектовать авианосные эскадрильи. Лишь в мае или июне 1944 года адмирал Кога мог надеяться дать бой американскому флоту с некоторыми шансами на успех. В ожидании этого он потребовал увеличить число авианосцев, чтобы противостоять растущей мощи Быстроходного авианосного соединения. 8 марта 1944 года адмирал Кога выпустил примерный план «Операции Z», в котором он очертил «зону перехвата», проходящую от Марианских к Каролинским островам и далее к Новой Гвинее. Внутри этой зоны он намеревался перехватить и атаковать вражеские силы. В «Плане Z» говорилось:
«Вражеские авианосцы будут выведены из строя в первую очередь путем массированных воздушных атак. После того как будет достигнуто превосходство в воздухе, воздушные атаки будут направлены против конвоев. В некоторых случаях конвои будут атакованы и уничтожены первыми. В особо важных районах вражеские флоты или конвои будут атакованы кораблями одновременно с атаками нашей авиации».
Так было выбрано время и место для крупнейшей в истории битвы авианосцев – июнь 1944 года, Марианские острова. Но адмирал Кога не дожил до того, чтобы увидеть, как Объединенный Флот вступит в бой. Он решил, что если угроза возникнет в северном секторе оборонительного периметра, он будет командовать с Сайпана, если в южном – с Давао на юге Филиппин. В конце марта появились признаки усиления активности союзников на юге, и вечером 31 марта адмирал Кога со своим штабом в Палау поднялся на борт 2 четырехмоторных летающих лодок, чтобы вылететь в Давао. Самолеты попали в зону плохой погоды, и самолет, на котором летел адмирал Кога, пропал без вести. Другой самолет разбился в море, но с него спаслись несколько человек. Второй раз в течение года погиб командующий Объединенным Флотом. После гибели адмирала Кога на месяц командование Объединенным Флотом принял на себя вице-адмирал Сиро Такасу, находившийся в Сурабае. Но 3 мая на пост командующего был назначен бывший член Высшего военного совета адмирал Соэму Тоёда. Он поднял свой флаг на легком крейсера «Оёдо», стоявшем в Токийском заливе.
Как и его предшественник, адмирал Тоёда намеревался вступить в бой с американскими авианосцами при первой удобной возможности. Он переименовал «План Z» в «Операцию А-ГО». Японский флот даст бой, и его ударной силой станут авианосцы. 1 марта 1944 года была изменена организационная структура Объединенного Флота. Был создан Первый мобильный флот, который объединил все надводные корабли в одно ударное соединение. Командующим Первым мобильным флотом был назначен вице-адмирал Дзисабуро Одзава, который в ноябре 1942 года сменил адмирала Нагумо на посту командира ударного авианосного соединения. Теперь все японские линкоры и крейсера были отданы под командование тактического командира авианосцев.
Реорганизованная 1-я дивизия авианосцев состояла из новейшего авианосца «Тайхо» (29300 тонн) и ветеранов «Сёкаку» и «Дзуйкаку». «Тайхо» (Гигантский феникс) имел длину 856 футов и обычную конструкцию с надстройкой на правом борту, на которой была установлена дымовая труба. Обычно он нес 53 самолета (максимум 74). Сначала эти 3 эскадренных авианосца были отправлены в Сингапур для тренировок, а затем переброшены в Тави-Тави у северного побережья Борнео, куда и прибыли 15 мая.