Первая же катастрофа Ту-22М2, принадлежащего Дальней авиации произошла, видимо, 8 июля 1983 г. Ложное срабатывание сигнализации о чрезмерной вибрации одного из двигателей привело к потере экипажем контроля над ситуацией и выходу машины на режим сваливания. Итог этого полета печален, кроме потерянной машины погибли командир В.М. Цибулин и его помощник В.Ю. Трофимов.
Спустя два года еще одно происшествие. на этот раз на самолете летчика Бондарева. В феврале 1985 года, выполняя перелет с аэродрома Дягелево (Рязань) в Воронеж, отключили левый двигатель из- за нарушения работы маслосистемы. Вслед за этим отказал и правый двигатель из-за обрыва лопатки одной из ступеней компрессора. Экипаж Ту-22М2 удачно катапультировался, но самолет потеряли.
В сентябре этого же года экипаж Ту-22М2 (командир Б.М. Карповский) из Белой (вблизи Иркутска) попал в кучево-дождевую облачность и подвергся сильной электризации и обледенению, а затем потерял пространственную ориентировку и вышел на режим сваливания. Видимо, скоротечность аварийной ситуации не позволила экипажу воспользоваться средствами спасения.
В полете 16 мая (по другим сведениям в сентябре) 1986 года на Ту-22М вскоре после взлета с аэродрома Шайковка (г. Киров, Калужской обл.) в хвостовой части фюзеляжа из-за обильной течи керосина возник пожар. Экипаж развернул машину на обратный курс, но перегорели тяги управления стабилизатором и рулем высоты. Последним покинул неуправляемую машину командир корабля капитан Мурсанков на высоте менее 100 метров. Через две-три секунды самолет взорвался в воздухе, уткнувшись носовой частью в озеро Верхнее. Однако горящий керосин накрыл автобусную остановку у проходной завода, унеся жизни около 30 человек. Причина: трагедии была связана с установкой на заводе нештатных топливных шлангов, которые вырвались из заделки, и керосин хлынул на двигатели.
В сентябре 1986 года имело место летное происшествие, чуть не приведшее к трагедии. При заходе на посадку после разведки погоды командир корабля подполковник Б.Г. Подчиненное игнорировал инструкцию экипажу. Установив крыло в посадочное положение, и выпустив шасси, экипаж забыл о механизации несущей поверхности. В итоге, приземление произошло на меньшей скорости, причем с одной ракетой под крылом. Ту-22М (видимо, вариант «М2») коснулся грунта левой консолью стабилизатора, а затем крылом и хвостовой частью фюзеляжа перед оврагом за 340 метров до ВПП. При этом перегрузка составила 2,3g. Пробежав 105 метров, самолет снова оторвался от земли и ушел на второй круг. К тому времени командир имел 1 класс, но, как говорится, «и на старуху бывает проруха».
В апреле 1987 года на взлете гибнет самолет капитана Копылова. Предположительная причина – попадание писсуаров штурманов в проводку управления. Кажется смешным, а машину не вернешь, хорошо хоть экипаж спасся. А ведь это еще не все. Аварийность кошмарная, и за каждым происшествием стоит человек – промышленник или командир.
20 июля 1988 года в катастрофе Ту-22М2 погиб экипаж капитана А.Н. Лесняка. В следующем году 14 февраля еще одна трагедия, унесшая жизни четырех человек во главе с командиром Ту-22М2 капитаном Г.В. Карпенко. Трагедия произошла из-за отказа системы электроснабжения самолета, выразившаяся в отключении всех шести исправных генераторов и неподключение двух из них (№3 и №6) к аварийной сети вследствие конструктивно-производственных дефектов.
Спустя полгода, 2 июня, из-за конструктивно-производственных дефектов системы электроснабжения ДУИ-2М другого самолета Ту-22М и ошибочных действий экипажа самолет вошел в крен, выйти из которого не удалось. Члены экипажа катапультировались, но при приземлении на лес получили травмы различной степени тяжести.
Первыми Ту-22М3 освоили авиаторы 185-го тбап. Вслед за ними на основании директивы Министерства обороны СССР от 4 декабря 1984 года приступил к переучиванию на эти машины и постановщики помех Ту-16П 200-й гвардейский авиационный Брестский Краснознаменный тбап, базировавшийся в Белоруссии. Весной 1986-го экипажи полка освоили сверхзвуковые ракетоносцы и с июня приступили к пускам ракет Х-22Н, а спустя два года и Х-15. В 1994 году 200-й тбап был переведен на аэродром Белая, где находились 1225-й и 1229-й тбап. Спустя четыре года все Ту-22М3 этих полков сосредоточили в 200-м тбап.
Первый Ту-22М3 в Дальней авиации потеряли (или ВМФ), видимо, в августе 1992 г.
Самолет упал в 4-5 км на арбузное поле при заходе на посадку на аэродром Весёлое (Запорожская область, Украина) со стороны Джан коя.
В 1984 году на Ту-22М3 перевооружили две эскадрильи 444-го авиационного Берлинского орденов Кутузова III степени и Александра Невского тбап, дислоцировавшегося в Тарту (Эстония). Впоследствии, после нескольких реорганизаций полк полностью перешел на эти машины.