В начале лета 1939 года «Урановый проект» вышел на новый виток ядерной гонки вооружений, и в отделе вооружений сухопутных войск Управления армейского вооружения под руководством Курта Дибнера, как ведущего специалиста по новым взрывчатым веществам, была создана рабочая группа урановых исследований. Армейские специалисты бурно включились в работу, и уже в конце июня доктор Дибнер сумел организовать конструирование самой первой реакторной сборки под Берлином на полигоне Куммерсдорф в Готтове. Вместе с научно-исследовательской группой Абрагама Езау из Берлинского университета эти два коллектива быстро заняли лидирующее положение, как соисполнители «Уранового проекта», а сама ядерная тематика получила официальный статус приоритетного направления военных исследований.
В середине сентября 1939 года были определены ключевые исполнители «Уранового проекта», которыми стали: Физический институт Общества кайзера Вильгельма в Берлине, Институт физической химии Гамбургского университета, Берлинский физический институт Высшей технической школы, Физический институт Института медицинских исследований в Гейдельберге и Физико-химический институт Лейпцигского университета. Вскоре число институтов, занятых только на основных направлениях ядерных исследований, превысило два десятка, а общим научным центром, координирующим выполнение «Уранового проекта», был назначен Физический институт Общества кайзера Вильгельма, который перешел в подчинение военному министерству.
Во второй половине сентября 1939 года в Управлении армейского вооружения состоялось первое рабочее совещание объединенного «Уранового проекта» с участием высших военных чинов и практически всех ведущих немецких физиков, занимавшихся ядерными исследованиями. Основная тема оживленных дискуссий касалась возможных вариантов выполнения конструкций урановых котлов и режимов их функционирования. При этом предлагалось два способа извлечения энергии из урана: путем взрывной неконтролируемой цепной реакции и управляемым процессом в урановом котле-реакторе. Главным затруднением для контроля процесса ядерного деления было дозированное присутствие вещества-замедлителя, которое бы эффективно тормозило быстрые нейтроны в цепной реакции расщепления ядра, но в то же время не поглощало их. Другой проблемой была наработка довольно редкого изотопа урана-235, поскольку именно при его обстреле нейтронами начиналась цепная реакция деления ядер урана, заканчивающаяся ядерным взрывом. Несмотря на все эти трудности, в резолюции совещания значился весьма сжатый годичный срок выполнения основных целей «Уранового проекта», установленный Управлением вооружения Вермахта, причем было принято решение повысить уровень секретности работ.
В декабре 1939 года Гейзенберг подготовил обширный обзор «Возможность технического получения энергии при расщеплении урана», где предложил две схемы урановых котлов. В первом реакторе уран и тяжелая вода – замедлитель смешивались в сферическом котле радиусом около 60 см, охлаждаемом обычной водой, которая и играла роль рабочего тела установки, содержащей около тонны тяжелой воды и 1200 кг урана. В другом варианте уран и тяжелая вода не смешивались, а располагались слоями площадью около 1 кв. м толщиной в несколько сантиметров, причем после трех слоев урана и тяжелой воды предполагалось разместить дециметровую прослойку чистого углерода, еще один слой которого должен был составлять внешнюю оболочку уранового котла.
В начале января 1940 года Физический институт Общества кайзера Вильгельма был окончательно передан Управлению вооружения Вермахта, что самым решительным образом отразилось на судьбе директора института, нидерландского физика-экспериментатора Петера Дебая. Этого выдающегося ученого не спасло от увольнения даже нобелевское лауреатство, поскольку иностранный подданный никак не мог участвовать в секретных германских проектах. После того как Дебая поставили перед выбором, принятие немецкого гражданства либо увольнение, он эмигрировал в Америку, а «Урановый проект» потерял еще одного ценного сотрудника. На освободившуюся должность был назначен временным «уполномоченным руководителем» (поскольку Дебай официально так и не подал в отставку) Дибнер. Считается, что именно с этого момента началась конкуренция, перешедшая в открытое противостояние между научными коллективами, руководимыми Дибнером и Гейзенбергом, которое и замедлило работу над выполнением «Уранового проекта».