Удаление Аракчеева со службы, объявленное высочайшим приказом 1 октября 1799 года, лишило его связь с наследником престола прежнего делового содержания. Во всяком случае, сохранение дружеских уз отныне давало явную выгоду только одной стороне — изгнаннику. Алексей Андреевич мог получить от Александра Павловича определенное содействие при возвращении на службу. Но какую выгоду имел от опального генерал-лейтенанта наследник престола? Чем мог быть полезен ему новгородский помещик? Казалось, дружбе Аракчеева с Александром должен был 1 октября прийти конец. Но произошло обратное. Александр не порвал с Аракчеевым после его позорной отставки, а постарался убедить Алексея Андреевича в том, что относится к нему по-прежнему. «Я надеюсь, друг мой, — писал наследник престола из Гатчины в Грузино 15 октября 1799 года, — что мне нужды нет при сем несчастном случае возобновить уверение о моей непрестанной дружбе; ты имеешь довольно опытов об оной, и я уверен, что ты об ней и не сомневаешься. Поверь, что она никогда не переменится».
Александр часто говорил пустые, ничего не значащие слова, но в данном случае уверения его были, как показали дальнейшие события, вполне искренними. Он сохранял дружбу с опальным Аракчеевым до конца правления Павла и не переменился в отношениях с ним после того, как стал императором.
По записям, содержащимся в камер-фурьерском журнале, видно, что Аракчеев многократно посещал Петербург и Александра в первые два года его царствования. Если в 1801 году Его Величество приглашал своего незадачливого друга отобедать с ним лишь однажды, то в 1802 году — уже восемь раз. В 1803 году Аракчеев обедал с императором сорок девять раз.
В 1802 году император Александр учредил «Комиссию для составления примерных новых штатов артиллерии». В нее не был приглашен тогдашний инспектор всей артиллерии и командир гвардейского артиллерийского батальона генерал-лейтенант А. И. Корсаков. Но пребывавшего в отставке генерал-лейтенанта Аракчеева Его Величество счел необходимым включить в ее состав. Алексей Андреевич присутствовал и в ряде лиц, подписавших проект, разработанный данной комиссией к весне 1803 года. И что любопытно, он был назван в этом списке «отставным генерал-лейтенантом графом Аракчеевым».
Однако приглашая Аракчеева к себе и оказывая ему свое благорасположение, молодой император целых два года после своего восшествия на престол не звал его на службу. Почему? Ответ на сей вопрос невозможно найти в самом Александре, в дебрях его взаимоотношений с Аракчеевым. Факт приглашения Александром на обед того или иного сановника всегда служил явным признаком личного благорасположения Его Величества к нему. А число таких приглашений довольно точно отражало степень данного благорасположения. В тех обстоятельствах, при которых Александр вступил на престол, он очень нуждался в таких людях, как Аракчеев. «Всего 23-х лет от роду, без опытности, без руководства, Александр очутился в среде губителей отца своего, которые рассчитывали управлять им, — писала в своих мемуарах графиня Эделинг. — …Он должен был скрывать свои чувства от всех его окружающих. Нередко запирался он в отдаленном покое и там, предаваясь скорби, испускал глухие стоны, сопровождаемые потоками слез». С помощью Аракчеева молодой император мог быстро поставить окружавших его сановников на подобающее им место. Аракчеев умел унижать и был в состоянии принизить кого угодно. И тем не менее Александр не воспользовался в трудной для себя ситуации услугами этого человека, а выбрал иной путь упрочения своей власти — более тонкий, более скрытый, более долгий.
Данный выбор был продиктован Александру прежде всего обстановкой, возникшей в русском обществе сразу после его восшествия на престол. «Вступление Александра I-го на престол России было всеобщим торжеством, — вспоминал очевидец мартовских 1801 года событий в Петербурге М. Леонтьев, — смело можно сказать, что ни один государь не видал при начале своего правлении такого восторга своего народа, каковой произведен был во всей столице одною мыслью, что император у него — Александр! Где бы ни являлся сей юный и прелестнейший государь, как бывал окружен тысячами восхищенного народа, кричавшего «ура!» и целовавшего даже лошадь царскую». Другой современник рассматриваемых событий Д. П. Рунич глядел на атмосферу первых месяцев Александрова правления более критическим взглядом: «Суровость Павла сменилась необузданною распущенностью. Либерализм обратился в моду. При вступлении на престол Александр объявил о своем намерении царствовать по примеру своей бабки Екатерины II. Только и было разговоров, что о манифесте, содержавшем эту пошлую и смешную фразу, да о красоте юного императора и свободе, которую жаждали».