Вместе с ростом числа жертв терактов росло и число обезвреженных террористов в докладах Патрушева. 5 октября 2004 г. он заявил в интервью НТВ, что в 2004 году российские спецслужбы предотвратили в общей сложности более 500 терактов. По его словам, около 200 из них «имели бы серьезный резонанс в обществе». 12 мая 2005, выступая в Госдуме, он сказал, что ФСБ арестовала организаторов и исполнителей террористических актов в метро, у станции «Рижская», в электропоездах в Минеральных Водах, на остановках общественного транспорта в Воронеже и Краснодаре. Утром 10 июля доложил президенту В.Путину о ликвидации Шамиля Басаева (который, согласно альтернативной версии, подорвался сам вместе с КАМАЗом, на котором вез взрывчатку к месту теракта в Назрани). 20 июля Патрушев получил за это орден «За заслуги перед Отечеством» I степени. Он отрапортовал при этом: «Та война, которая была нам объявлена не только террористами, лидерами бандформирований, но и теми, кто поддерживал, финансировал, давал возможность лечиться (боевикам), она нами практически выиграна». Всего через два года спустя 29 марта 2010 г. в московском метро произошло два взрыва. Погибло более 40 человек. Меньше чем через год последовал взрыв в аэропорту Домодедово. Погибло еще 40 человек и более 130 были ранены.
Быть может, Патрушев бы и поставил новый рекорд бессменного пребывания на посту директора ФСБ, если бы не один его скандальный «прокол». 8 апреля 2008 г. на заседании Национального антитеррористического комитета (НАК) Патрушев сообщил, что бандиты и их сообщники в Южном федеральном округе, прилагают усилия по идеологической обработке молодежи и пополнению своих рядов» пользуются поддержкой не только «эмиссаров зарубежных террористических и религиозно-экстремистских организаций». Информационную поддержку террористам «в немалой степени оказывают отдельные иностранные неправительственные организации», — заявил шеф ФСБ. (См.:
Конечно, не только этот «прокол» заставил Медведева убрать Патрушева со столь ответственного поста. Дело в том, что его многочисленные провалы никак не влияли на его стремление, совсем не подходящее директору спецслужбы, светиться в лучах юпитеров славы. В августе 2003 г. в ходе учений ФСБ по «локализации террористических проявлений в условиях плоскогорья» Н.Патрушев неожиданно совершил в составе группы спецназа подъем на вершину Эльбруса на высоту 5642 метра, что и показали по всем телеканалам. 7 января 2007 года вместе с Артуром Чилингаровым и своим братом он посетил Антарктиду и Южный полюс на вертолетах. Это тоже прогремело во всех теленовостях. Потом президент Путин наградил его брата В.Патрушева Орденом Дружбы за эту экзотическую экспедицию. С ней были связаны и другие скандалы, о которых будет сказано далее. Раздражало Кремль и широко рекламируемое увлечение Патрушева волейбольным спортом. 23 октября 2009 г. президент Медведев заявил, что дал поручение заменить в течение месяца возглавляющих российские спортивные федерации чиновников на «профессионалов, уделяющих своему виду спорта 24 часа в сутки»: «Необходимо работать, — сказал он, — хватит штаны просиживать, проводить все время в командировках за границей. Чиновники пусть возглавляют попечительские советы федераций». Патрушев на этот момент уже был секретарем Совбеза, но все еще возглавлял Всероссийскую федерацию волейбола. В ноябре 2009 года он ушел и с этого с поста.