В 2002 году Иванова ввел практику «силового комплектования» армии призывниками (массовые проверки и задержания лиц призывного возраста на улицах), опробованную осенью 2001-го в Москве, в других крупных городах.
24 мая 2005 г. главный военный прокурор РФ Александр Савенков на пресс-конференции подверг критике Министерство обороны, заявив, что уровень преступности в армии постоянно растет, что преобладают преступления против собственности и «объемы хищений во многом обусловлены отсутствием четко организованной системы ведомственного контроля» (См.:
С 30 сентября 2005 г. загорелись и в течение трех дней взрывались склады боеприпасов ВМФ на Камчатке в 50 км. от Петропавловска. Из зоны бедствия эвакуированы восемь тысяч человек, серьезные ранения получили 4 человека, пострадали шесть жилых поселков.
25 января 2006 г. в СМИ попала информация о «новогодних» пытках новобранцев старослужащими в Челябинском танковом училище; раны от пыток вызвали гангрену у одного из пострадавших, Андрея Сычева, которому ампутировали ноги и гениталии; офицеры училища, военные врачи и руководство Сухопутных войск не сумело скрыть инцидент; 7 военнослужащих, в том числе 3 офицера, арестованы.
26 января 2006 последовал первый комментарий министра: «Я последние несколько дней находился далеко от российской территории, высоко в горах, и о том, что произошло в Челябинске, не слышал. При этом думаю, что ничего очень серьезного там нет…». Эта реплика министра обороны вызвала взрыв возмущения в стране и бурю в печати. Но с него, как с гуся вода.
4 июня 2006 г. — еще один разбитый вертолет, а 28 июня еще один упавший самолет и погибший летчик.
26 июля 2006 г. разбился учебно-боевой самолет «Як-130» — один из трех летных образцов новой машины.
27 июля 2006 г. при взлете с военного аэродрома Большое Савино (Пермский край) потерпел аварию истребитель МиГ-29УБ, принадлежащий пилотажной группе ВВС «Стрижи».
30 июля 2006 г. во время авиашоу на глазах у министра обороны рухнул на землю Су-24М, оба пилота погибли. Еще один самолет сел только со второй попытки.
11 сентября 2006 г. в результате падения вертолета Ми-8 под Владикавказом погибли 2 генерала, в том числе замначальника тыла Вооруженных сил РФ, и 9 старших офицеров.
В бытность свою министром обороны С.Иванов, мягко говоря, не пользовался любовью кадровых военных, считавших, что министр-чекист находится не на своем месте (в частности, по мнению бывшего министра обороны Игоря Родионова, «…Министр обороны просто заложник обстоятельств. Он занялся не своим делом. Президент, видимо, просто хочет иметь своих надежных товарищей на ключевых постах в силовых структурах. Не думая о том, как эта структура в итоге будет выглядеть через несколько лет после такого руководства. Ситуация в стране сложная, но Иванов не на своем месте». (См.
В феврале 2003 г. ряд оппозиционных организаций, состоящих в основном из отставных военных (Союз офицеров, Союз советских офицеров, Движение в поддержку армии, Союз казаков, Ассоциация ветеранов подразделений специального назначения и специальных служб «Вымпел-Союз» и др.) выступили с инициативой выражения недоверия Иванову С.Б. как министру обороны. К концу мая 2003 г. СПС собрал почти 16 тыс. подписей под письмом президенту В.Путину с призывом немедленно начать реальную реформу армии и отправить в отставку министра обороны С.Иванова. (См.