Когда Сталин решил депортировать чеченцев и ингушей, Микоян был очень недоволен, но изменить ничего не мог. К 1944 году Сталин уже видел, что побеждает в мировой войне, и мнил себя властелином планеты. Он переселял народы и рисовал границы государств по своему усмотрению. Переселения и перемещения он практиковал давно. В 1937 году переселил корейцев из Приморья, в 1941 году — немцев Поволжья. Далее Хозяин вошёл во вкус, размах возрос. Сталин увидел, что имеющиеся в его распоряжении войска НКВД, отлично вооружённых, обученных и имеющих боевой опыт, — достаточно, чтобы передвигать огромные человеческие массы в любом направлении по своему усмотрению. После войны он решительно перекроил границы Польши, большой и сильной страны, занимающей важнейшее геополитическое положение центра Европы. Чего уж говорить о чеченцах, балкарцах, калмыках? Про эти народы в Европе вообще мало кто знал.
Формальным поводом считается то, что некоторые чеченцы, калмыки, крымские татары воевали на стороне гитлеровской Германии. В любом случае наказывать целый народ за преступления некоторой его части нельзя ни с логической, ни с юридической точки зрения. Тем более нельзя было с точки зрения постулатов марксистко-ленинского учения, заявлявшего о полном снятии национальных различий. То есть Сталин, наказывая народы по принадлежности к национальности, шёл против основ ленинской политики. Микоян это всё в своей книге пишет внятно. Но из его же текста следует, что его возражения Сталин слушать не стал: он уже переходил в планетарный масштаб, подрисовывал к своим владениям всю Восточную Европу и половину Азии.
Руководил депортациями в том числе Иван Серов, ставший при Хрущёве главой КГБ. Микоян близко сотрудничал с Серовым в Венгрии, осенью 1956 года пытаясь предотвратить назревающий кровавый кризис. Серов был, по всей видимости, дельный человек, исполнял всё, что от него требовали, провернул множество удачных специальных операций. Он лично с оружием в руках обеспечивал нейтрализацию охраны Берии. И также лично с оружием в руках арестовал генерал-майора Пала Малетера, лидера венгерских мятежников. То есть Серов был просто крутым парнем, готовым выполнить любой самый опасный приказ партии и правительства.
Но Микоян по неким причинам Серова невзлюбил и добивался его отставки. Несмотря даже на то, что тот поддержал десталинизацию и общий курс на ослабление роли тайной полиции в жизни советского общества.
Микоян открыто возмущался тем, что офицеры МГБ, руководившие депортациями, были представлены к государственным наградам.
В целом, глядя с высоты человека XXI века, мы можем признать, что депортации были ещё одной ошибкой Сталина. Никакой государственной пользы эти акции не принесли. В 1944-м людей выселили, в 1956-м вернули (не всех). Многие погибли, прочие возненавидели советскую власть и лично Сталина. Польза депортаций неясна, вреда же много до сих пор.
Двенадцатого июня 1956 года в Москву из Чечни приехала делегация: 14 человек, в том числе писатель Идрис Базоркин. Они добились аудиенции у Микояна и попросили разрешить чеченцам, переселённым в Казахстан, вернуться домой. Микоян держался сухо и даже холодно, но дал добро. В июле Президиум ЦК КПСС постановил создать комиссию по восстановлению прав репрессированных народов, её возглавил Микоян. 3 июля он представил проект, разрешающий возвращение чеченцев, ингушей, карачаевцев, балкарцев и калмыков. 16 июля появился Указ Верховного совета СССР «О снятии ограничений по спецпоселениям с чеченцев, ингушей, карачаевцев и членов их семей». 9 января 1957 года была восстановлена Чечено-ингушская АССР, образованы Калмыцкая, Карачаево-Черкесская, Кабардино-Балкарская автономные области.
Увы, в этот перечень не попали крымские татары. Восстановление их автономии было признано нецелесообразным. Режим спецпоселения с них сняли, но домой вернуться не разрешили; предоставили право селиться в Татарстане. Число депортированных крымских татар 180–190 тысяч человек. Сам Микоян прямо признаётся, что татарские посёлки в Крыму были давно заняты русскими и украинцами, вернуть дома и земельные участки прежним владельцам было просто невозможно.