Царским указом от 8 сентября 1802 г. вместо прежних коллегий (детищ Петра Великого) были учреждены министерства с целью укрепить единоначалие и свести к минимуму коллегиальность в руководстве государством. Но, поскольку верховным распорядителем власти как был, так и остался царь, эта реформа ничего не изменила. Пожалуй, даже бюрократизм стал возрастать. Во-первых, ни порядок прохождения дел, ни функции министерств не были определены с надлежащей точностью. Министрами же царь назначал людей, очень именитых и близких к трону, но большей частью не способных управлять этими учреждениями. Коммерческий агент Франции в Петербурге барон Ж.Б. Лессепс (бывший участник последней экспедиции знаменитого мореплавателя Ж.Ф. Лаперуза, а позднее — в 1812 г. — гражданский губернатор Москвы) так охарактеризовал консулу Бонапарту каждого из семи первых российских министров в отдельности и всех вместе: министр иностранных дел, государственный канцлер А.Р. Воронцов — «лицо, относительно которого делают вид, что с ним более всего советуются, и которого, в сущности, слушают менее всего»; министр внутренних дел В.П. Кочубей — «у него нет и признака тех способностей, которых требует значительность его положения»; военный министр С.К. Вязмитинов — «ничтожество»; военно-морской министр П.В. Чичагов — «умный, но (не за это ли? —
Характеристики Лессепса, при всей их язвительности, в принципе верны. Тем важнее здесь подчеркнуть, что Александра такие министры устраивали. Он, собственно, и не доверял ни Воронцову, ни Державину, ни Завадовскому (которого называл «сущей овцой»), но рассадил их в министерские кресла, чтобы ублаготворить екатерининскую оппозицию его «молодым друзьям». В то же время, для пущей надежности, товарищами (заместителями) министров он назначил к Воронцову Чарторыйского, к Державину — Новосильцева, а сугубо ответственные посты министра внутренних дел и его товарища вверил Кочубею и Строганову. С тем же расчетом Александр и во главе Святейшего Синода поставил друга своей юности, 30-летнего князя А.Н. Голицына, известного тем, что он «превосходил всех в искусстве занимать государя». Зато мудрый и независимый адмирал Н.С. Мордвинов был уволен с поста военно-морского министра и заменен П.В. Чичаговым через три месяца после учреждения министерств. Не ужился Александр и с Державиным. После того как министр-поэт напомнил ему, что он обещал править «по законам и по сердцу Екатерины», царь вспылил: «Ты меня всегда хочешь учить! Я самодержавный государь и так хочу!» — и 7 октября 1803 г. заменил Г.Р. Державина послушным П.В. Лопухиным.
Одновременно с учреждением министерств, в тот же день 8 сентября 1802 г., был издан указ о правах Сената. Александр объявил Сенат «верховным местом в империи», причем сразу отказался от принятой ранее формы: «Указ нашему Сенату», сказав: «Сенат не наш, он Сенат империи!» Отныне указы начинались так: «Указ Правительствующему Сенату». Сенату получил право контролировать деятельность министерств, и даже возражать царю против указов, «не согласных с прочими узаконениями». Однако едва Сенат на радостях по такому случаю возразил против первого же царского указа о 12-летнем сроке обязательной службы для дворян, который противоречил законам Петра III и Екатерины Великой, освободивших дворян от всякой службы, Александр тотчас проявил нрав самодержца. «Я им дам себя знать!» — пригрозил он сенаторам. Последовало царское «разъяснение», по которому Сенат мог возражать только против «ранее изданных», а не вновь издаваемых законов. После этого русский посол в Лондоне С.Р. Воронцов (брат канцлера) написал В.П. Кочубею, что теперь, «к великой скорби всех русских людей», Сенат «уже не посмеет больше возвышать свой голос». Так и вышло.