А Пепеляев-младший еще пытался организовать оборону своего родного Томска. 20 декабря 1919 года в город ворвалась 30-я дивизия красных под командованием Альберта Лапина. В свое время эта дивизия была жестоко поколочена Анатолием Николаевичем под Пермью, но теперь сполна рассчиталась за поражение. В Томске красные захватили свыше 30 тысяч пленных и богатые трофеи. Сам Пепеляев успел выбраться из города, но вскоре свалился в сыпном тифе и в крестьянской одежде был вывезен в Китай.
Началась эмиграция… Обосновавшись в Харбине, Пепеляев женился на дочери железнодорожного мастера и устроился работать извозчиком. Но он не смирился с поражением и мечтал о реванше. Получив известие об антибольшевистских выступлениях в Якутии, Анатолий Николаевич возглавил отряд, посланный на помощь повстанцам. Финансировал экспедицию эмигрантский «Сибирский комитет».
В сентябре 1922 года «Сибирская добровольческая дружина» Пепеляева (750 штыков при двух пулеметах) высадилась в поселке Аян и двинулась вдоль побережья Охотского моря. Анатолий Николаевич рассчитывал пополнить свой отряд за счет местных повстанцев, овладеть Якутском, а затем двинуться на Иркутск. В перспективе этот план давал возможность заново начать гражданскую войну в Сибири, в случае же неудачи оставался шанс прорваться обратно в Китай.
После взятия Охотска «дружина» повернула вглубь Сибири, и проделав 500-километровый марш через тайгу и болотные топи, подошла к поселку Нелькан. Здесь выяснилось, что якутское восстание потерпело поражение, а большевики успели занять последние опорные пункты белых на тихоокеанском побережье - Владивосток и Петропавловск-на-Камчатке. Однако после недолгих колебаний Пепеляев решил продолжать наступление.