27 мая группа Пепеляева свергла советскую власть в Томске, а после того как временное Сибирское правительство приступило к формированию собственной армии, Анатолий Николаевич получил назначение на должность командира 1-го Сибирского стрелкового корпуса. В короткое время отряд из нескольких сотен добровольцев и мобилизованных офицеров превратился в мощное войсковое соединение, которое сумело овладеть Красноярском, Иркутском, Верхнеудинском, Читой и соединиться с казаками атамана Семенова. Однако осеннее наступление большевиков заставило их противников оставить Поволжье. Пытаясь перекрыть проходы в Уральских горах, белые образовали несколько фронтов, один из которых - Лысьвенский - возглавил Пепеляев.
В декабре 1918 года 15-тысячный корпус Пепеляева перевалил через Уральский хребет, и, прорвав линию фронта, обрушился на Пермь. В городе располагались штаб 3-й армии красных, две дивизии, артиллерийская бригада, а также многочисленные склады с боеприпасами и обмундированием. Белые стремительно атаковали с разных сторон и, овладев центральными улицами, повели наступление на вокзал. В течение дня Пепеляев захватил один из крупнейших городов Приуралья и затем еще три недели наносил удары по отступающим дивизиям противника. Численность 3-й армии красных сократилась до 11 тысяч штыков и сабель. Это был разгром. Лишь прибытие из Москвы многочисленных подкреплений и грозной комиссии, в составе которой были Сталин и Дзержинский, помогло стабилизировать линию фронта и остановить белых на подступах к вятскому укрепрайону.
Пермская операция принесла Анатолию Николаевичу широкую известность и репутацию одного из лучших военачальников»…
Именно за Пермь Верховный правитель России и получил свой второй орден Св. Георгия - 3-й степени. Колкий барон Будберг не преминул отметить в своем дневнике:
«Лавры Пермской победы вскружили всем головы; посыпались награды, на фронте имеются уже несколько кавалеров Георгия 3-й степени; бывшие штабс-капитаны сделались генерал-лейтенантами…»
В Перми Колчак выступил перед рабочими орудийного завода. Бывалые металлисты сразу почувствовали: этот адмирал говорит об их деле толково и с понятием. Откуда им было знать, что Верховный правитель мог сам стать к станку и выточить корпус снаряда или профрезеровать орудийный замок. Откуда им было знать, что детство и отрочество этого большого начальника прошло на Обуховском заводе, и зрелище сверловки пушечных стволов для него было столь же привычным, как для иных его сверстников - выпас коней в ночное…
Пермь дала Колчаку орудия. Их устанавливали на колесных пароходах, из которых формировалась Камская речная флотилия.
Там же, в Перми, к вагон-салону Колчака подошел морской офицер.
- Прошу доложить адмиралу, - попросил он дежурного адъютанта, - что лейтенант Макаров Вадим Степанович просит его принять. Только доложите, пожалуйста, чин, фамилию и имя-отчество.
Озадаченный неожиданной просьбой, адъютант доложил. Он удивился еще больше, когда обычно хмурый адмирал просиял и велел немедленно провести к нему лейтенанта.
- Это сын погибшего адмирала Макарова! - пояснил он недоумевавшему адъютанту и сам вышел навстречу невзрачному офицеру. Крепко обнял слегка растерявшегося лейтенанта.