В общей сложности флоту удалось вывезти в Египет 16.500 английских, австралийских и новозеландских солдат. В битве за Крит Средиземноморский флот заплатил очень большую цену. Крейсеры «Глочестер». «Фиджи». «Калькутта», эсминцы «Джуно», «Грейхаунд», «Кашмир», «Келли», «Хереуард» и «Империал» были потоплены. «Уорспайт». «Бархэм», «Формидебл», «Дидо», «Келвин» и «Нубиан» получили повреждения, на устранение которых потребовалось несколько месяцев. «Перт», «Найяд», «Карлисл», «Нэпир», «Киплинг» и «Декой» стояли в ремонте несколько недель. Повреждения «Хэвока», «Кингстона» и «Нубиана» удалось ликвидировать в течение суток. Погибли свыше 2,000 матросов и офицеров. Такие потери были равнозначны участию всего флота в большом эскадренном сражении с сомнительным исходом.
Настроение у командующего было прескверное. Он отправил высшему морскому командованию в Лондоне подробное донесение о битве за Крит, в заключении которого сделал приписку: «Возможно, Адмиралтейство предпочтет сменить командование флотом здесь. Я ни в коем случае не сочту себя уязвленным, тем более что в результате событий последних дней доверие плавсостава к моему стилю руководства, возможно, было поколеблено».
Относительно «поколебленного доверия» Каннингхэм явно преувеличил. 2 июня он получил личную радиограмму от генерала Уэйвелла, с содержанием которой предполагалось ознакомить весь личный состав флота: «Я хочу выразить лично вам и всем, кто находится в вашем подчинении, глубочайшее восхищение и благодарность от лица всей армии на Ближнем Востоке за великолепную работу, проделанную Королевским флотом по вывозу войск с Крита. Мастерство и самоотверженность, с которыми осуществлялась труднейшая операция, никогда не будут забыты и сделают связь между двумя родами вооруженных сил еще более прочной. Примите также наши соболезнования по поводу понесенных вами потерь».
Если в тот момент командующий нуждался в моральной поддержке, он получил ее сполна в потоке благодарственных писем, хлынувших в Александрию. Одно из них пришло от некоей миссис Палмер из Новой Зеландии. Она проводила на войну троих сыновей. Двое из них оказались вначале в Греции, а затем на Крите и спаслись только благодаря самоотверженности военных моряков. «Пускай господь благословит вас и хранит невредимым до самого конца этой ужасной войны», — писала благодарная мать Каннингхэму. Тысячи австралийских и новозеландских солдат, прошедших Грецию и Крит, до конца жизни вспоминали, что их поддерживала и давала силы только вера в то, что военный флот их не оставит.
Каковы же могут быть ретроспективные оценки битвы за Крит. Лично Каннингхэм после войны высказал следующие соображения: «… Оглядываясь назад, я иногда думаю, а была ли утрата Крита таким уж серьезным фактором, как это показалось нам поначалу? Если бы мы отбили атаку немцев и удержали остров, проблема снабжения Крита и поддержка его обороноспособности стала бы невероятно трудным делом. Нам, несомненно, пришлось бы держать там большой гарнизон, и хотя, конечно, оборону можно было бы возложить прежде всего на греков, она бы сильно истощала скудные резервы вооружений, боеприпасов и продовольствия, которые имелись в нашем распоряжении в Средиземноморье. Более того… все порты, пригодные для доставки снабжения, располагались на северном побережье, совсем недалеко от аэродромов противника. И хотя едва ли следовало ожидать, что Люфтваффе могли бы поддерживать в течение длительного времени такую интенсивность ударов с воздуха, какую они сконцентрировали специально для операции по захвату острова, ясно, что использовать порты северного побережья пришлось бы только ночью. Нашим ВВС также пришлось бы сконцентрировать значительные силы на Крите. Для этого потребовалось бы сооружение новых аэродромов. Если принять во внимание количество дополнительного оборудования и обеспечения для ВВС, не говоря уже о войсках, трудно представить, как можно было бы выгрузить такую массу грузов на ограниченных пляжах южного берега Крита, а потом транспортировать через горы к месту назначения. С другой стороны, нельзя отрицать, что удержание Крита позволило бы покончить с трудностями снабжения Мальты, которое вскоре вступило в критическую фазу. Именно германские самолеты на Крите, действовавшие на восточном фланге маршрутов наших конвоев, идущих на Мальту, сделали снабжение острова таким опасным и рискованным».