Лосев проследил и тысячелетнее развитие мифов об Аполлоне, которые уходят корнями в седую старину со всей ее дикостью, людоедством, беспросветной темнотой. Изначально Аполлон мог быть только чудовищем или страшилищем. Но вот человек становится оседлым, он занимается земледелием и скотоводством, появляется ремесло. И мы находим уже совсем другого Аполлона, приспособленного к нуждам нового общества. В пору разложения общинно-родового строя и перехода к рабовладельческой формации мифы об Аполлоне переходят от строгих и классически утонченных форм к капризно-изысканным. Вместе с гибелью общинно-родовой и рабовладельческой формаций происходит закат всех античных богов. Появляется прекрасный Аполлон, красивый юноша, талантливый поэт, Бог света и духовных озарений.
Всю жизнь Лосев работал над поисками научной истины, очень рано пришел к выводу о существовании Бога и все более убеждался в своей вере. К мысли о Боге привела его наука. (Алексей Федорович глубоко знал древнюю и новую философию, активно сотрудничал с крупнейшими учеными в области точных и общественных наук.) Малое знание естественных наук отделяет человека от Бога, большое — приближает. Он открыто призывал к объединению усилий науки и религии, а его любимым афоризмом было высказывание: «Верую потому, что максимально разумно».
В искренность атеистов Лосев не верил, ибо считал это заигрыванием с властью. Неверующий подобен кроту, который не знает, куда ведет его нора, крот роет вслепую. Чтобы высказать свои мысли в условиях жестокой цензуры, ему приходилось ссылаться на авторитет классиков и маскировать свои идеи. В работах Лосева действуют не всегда сразу узнаваемые, но одни и те же философские персонажи: Первозданное, Одно, Сущее, Слово, Символ, Имя, Мир. Ясно, что под этими именами подразумевается Бог.
Сотворенный Богом мир имеет цель: соединить человека с Богом. Бог непознаваем в рационалистическом смысле. Но именно телесность является исходным условием духа. Бог и человек сливаются в абсолютное одно. Энергетические сверхцели задаются Богом. Поэтому, оставаясь «один на один с Богом» (как говорила его жена Аза Тахо-Годи), А. Ф. ничего и никого не боялся, кроме Всевышнего.
Ученые, изучавшие античность до А. Ф. Лосева, речь вели главным образом о «перекличках» и «совпадениях» идей и тем предметного мира «античного космоса» с обретениями современной науки. Лосев же увидел в разделенных многими веками эпохах созвучие тенденций и целей — в прошлом можно, оказывается, получить ответы на важные вопросы сегодняшнего дня. Вот почему он обратился к великим мыслителям прошлого, начиная с самых древних. «Прошлое науки, — заметил А. А. Любищев в 1927 году, — не кладбище с надгробными плитами над навеки похороненными идеями, а собрание недостроенных ансамблей, многие из которых не были закончены не из-за несовершенства замысла, а из-за технической и экономической несвоевременности».
Необходимо особо подчеркнуть, что теория и опыт античности совершенно необходимы в те времена, когда разрушается фундамент культуры и человек отрывается от естественной для него почвы. Лосев считал правомочным исследовать даже алхимию, астрологию и магию, то есть те учения, которые сейчас называют средневековым мракобесием, поскольку ощущал себя восприемником наследия предшественников. Кратко и четко это выражают следующие его слова: «Я всех люблю, от всех вас беру и всех критикую».
Он не боялся сказать, что сочетание «старого» и «нового», «вчера» и «завтра» есть вечная молодость в науке. Существенная связь ценностей прошлого с творческим настоящим и необходимым будущим — вот цель науки.
А. Ф. Лосев серьезно занимался рядом математических проблем. Мечтал о диалектической разработке математики. «Наша общая наука есть сразу и математика, и астрономия, и философия, и общение с «вселенским разумом», — говорил он. Он мечтал и о диалектике в музыке. В ней видел единство субъекта и объекта, нераздельность и слитность, вечную изменчивость и самопроизводство. В 1960–1961 годах Алексей Федорович выпустил единственную у нас книгу по античной музыкальной эстетике, проследив ее историю от зарождения.