В июне 1584 года скончался тридцатилетний неженатый герцог Франсуа Алансонский и Анжуйский, наследник французского трона и несостоявшийся муж Елизаветы Английской, которая называла его своим «лягушонком». Он был любимым братом королевы Наваррской, которая много лет помогала ему назло Генриху III и спустя годы так тепло отзывалась о нем в воспоминаниях. После смерти Франсуа король Наварры Генрих де Бурбон стал наследником французского престола. Это не понравилось католикам, которые во главе с герцогами Гизами восстановили Католическую лигу и заключили союз с Испанией, бросив вызов королям Франции и Наварры. Гизы развязали уже восьмую религиозную войну во Франции, получившую также название «войны трех Генрихов» – Валуа, Бурбона и Гиза. Ставка в этой борьбе была самой высокой – корона Франции. Генриха Наваррского поддержала в религиозной войне Елизавета I Английская, отправив ему крупную сумму денег для усиления войск за счет большой армии немецких протестантов. Гугеноты, возглавляемые Генрихом Наваррским, разбили войска Лиги в сражениях при Арке и Иври. Тем временем Маргарита вспомнила о своей влюбленности в Генриха де Гиза и соединилась с ним не только в любовных делах, но и в политических. Жена лидера гугенотов вдруг стала страстной католичкой. Королева открыла активную переписку с руководителями Лиги, а также с Филиппом II Испанским, и в мае 1585 года объявила о своем присоединении к Лиге. Маргарита бросила вызов обеим сторонам – королю-брату и королю-мужу, – покинув Нерак и устремившись в город Ажен, где обосновалась Католическая лига во главе с Гизами. Горожане не захотели быть на стороне Католической лиги и сдали город королевскому войску. Маргарита попала в плен и по настоянию короля была заточена в замке Юссон. В заключении она пробыла всего два месяца. Герцог де Гиз купил этот замок, и гарнизон стал служить Маргарите. Позже в письме Генриху IV она назовет Юссон своим покровом, хотя в нем не было привычного для нее комфорта. Зато здесь Маргарита со всей страстью своей души предается чтению и пишет мемуары. В замке она распоряжалась как хотела и вела довольно бурную жизнь, так что Юссон прозвали «замком Мессалины». Генрих Наваррский пожелал оформить развод. Родственники Маргариты разошлись во мнениях, что делать с опальной королевой. Екатерина Медичи предложила заключить свою дочь в монастырь, а Генриху Наваррскому взять в жены племянницу Маргариты Кристину Лотарингскую. Король Франции не поддержал мать в отношении судьбы Маргариты, он надеялся, что сестра опять соединится со своим мужем и подарит королевскому семейству желанного наследника. Так, в декабре 1586 года он писал Екатерине Медичи, говоря о Генрихе Наваррском: «Ему не нужно надеяться, чтобы мы поступили с нею [Маргаритой] сурово или избавились от нее, чтобы он снова мог жениться. Я бы хотел, чтобы она жила в таком месте, где он сможет навещать ее, когда захочет, и попытается иметь с ней детей. Он не должен собираться вступать в брак снова, пока она жива. В случае если он забудет об этом и поступит иначе, то поставит под сомнение законность наследования, и я стану его смертельным врагом». А сам Генрих Наваррский в письме от 17 января 1589 года к Диане де Грамон называл Маргариту пьяницей, выражал желание свернуть ей шею, молил Бога о скорейшей ее смерти: «Жду не дождусь часа, когда удавят эту наваррскую королеву. Если бы протянула ноги она, как и ее маменька, я бы воспел благодарственную молитву». В 1588 году герцога де Гиза убили по приказу короля. Через год доминиканский монах Жак Клеман по наущению Гизов вонзил нож в живот короля. Генрих Наваррский опять поменял веру со словами «Париж стоит обедни» – и вновь объявил себя католиком. После чего 27 февраля 1594 года он был коронован как Генрих IV.