В сентябре 1918 г. РВСР были переданы функции и личный состав Наркомата по военным делам, а в декабре 1918‐го – Наркомата по морским делам (вошёл в состав РВСР в качестве Морского отдела). РВСР руководил действующей армией через своего члена – главнокомандующего всеми вооруженными силами Республики (главкома; с сентября 1918 г. – И.И. Вацетис, с июля 1919 г. – С.С. Каменев). 6 сентября 1918 г. был учрежден Полевой штаб Реввоенсовета Республики (10 февраля 1921 г. объединён с Всероглавштабом в Штаб РККА), подчинённый главкому и занимавшийся подготовкой войск и руководством военными действиями.
Партийно-политическая работа в армии и на флоте осуществлялась ЦК РКП(б) через Всероссийское бюро военных комиссаров (создано 8 апреля 1918 г.), которое 18 апреля 1919 г. по решению VIII съезда партии было заменено отделом РВСР, переименованным 26 мая 1919 г. в Политическое управление (ПУР) при РВСР, одновременно являвшимся отделом ЦК РКП(б). В войсках партийно-политическая работа проводилась политотделами и партийными организациями (ячейками).
В 1919 г. на основе решений VIII съезда партии завершился переход к регулярной массовой армии, с крепким пролетарским, политически сознательным, кадровым ядром личного состава, единой системой комплектования, стабильной организацией войск, централизованным управлением и действенным партийно-политическим аппаратом. Строительство Вооруженных сил СССР проходило в острой борьбе с «военной оппозицией», которая выступала против создания регулярной армии, защищала пережитки партизанщины в управлении войсками и ведении войны, недооценивала роль старых военных специалистов.
Летом и осенью 1918 г. действующие войска начали сводиться в армии и фронты во главе с революционными военными советами (РВС) из 2–4 членов. К осени 1919 года насчитывалось 7 фронтов, каждый из 2–5 армий. Всего во фронтах было 16–18 общевойсковых армий, одна конная армия (1‐я) и несколько отдельных конных корпусов. В 1920 г. была сформирована 2‐я конная армия.
В ходе борьбы с интервентами и белогвардейцами использовалось главным образом вооружение старой армии. Вместе с тем принятые партией чрезвычайные меры по налаживанию военной промышленности и беспримерный героизм рабочего класса позволили перейти к организованному снабжению Красной армии оружием, боеприпасами и обмундированием советского производства. Среднемесячный выпуск винтовок в 1920 г. составил более 56 тысяч штук, патронов – 58 млн штук. В 1919 г. авиационные предприятия построили 258 и отремонтировали 50 самолётов.