19 октября 1929 года состоялось «открытое собрание по чистке I и II партактивов ячейки ВКП(б) при ИККИ». Чистки партийных рядов широко применялись в советской компартии в 1920—1930-е годы и были позаимствованы из практики Великой французской революции, когда якобинцы пытались таким образом освободить свои ряды от карьеристов, заговорщиков и просто случайных людей. Это естественно: подобные мероприятия проходят в любой организации, состоящей из приверженцев определенной идеологии. Время от времени изгоняются персонажи, которые, с точки зрения руководства такой организации, не разделяют или разделяют не полностью господствующую в ней идеологию. В РСФСР масштабные чистки начались в 1921 году – после окончания Гражданской войны, когда, по мнению «старых большевиков», в партии оказалось немало «примазавшихся к светлому делу революции элементов». Затем в 1925 году большевиков фактически проверили на лояльность Сталину, постепенно выдвигавшемуся в новые лидеры партии. В апреле 1929 года, в связи с усилившимися расхождениями мнений в ЦК по вопросам индустриализации, коллективизации и взглядов на дальнейшее развитие социалистического государства вообще, на XVI партконференции было принято решение о новой большой чистке, в результате которой из партии было изгнано более 170 тысяч человек. Чистке подверглись коммунисты от членов ЦК до рядовых. Каждый из них обязан был предстать перед специальной комиссией, присланной из вышестоящей партийной организации и состоящей из уже прошедших чистку однопартийцев. Комиссия изучала документы кандидатов, обращая особое внимание (в шаблонном варианте) на социальное происхождение, участие в революции и Гражданской войне, знание теории рабочего движения и мировой революции, а также «морально-бытовой облик». В несколько измененном и приспособленном к нюансам работы виде чистка прошла и в парторганизации Коминтерна.
В протоколе № 13, подписанном по результатам проверки Ики Рихардовича Зорге, отмечено, что его основная работа – секретарь Мануильского и какой-либо специальной партийной нагрузки он не несет, «т. к. бывает в СССР только временно». В конце протокола председатель комиссии большими буквами записал: «СЧИТАТЬ ПРОВЕРЕННЫМ». Важно не путать: чистка – партийное мероприятие, ставящее целью освобождение от лишних людей в РКП (ВКП) большевиков, и именно такую чистку прошел Зорге. Чистка «рядов Коминтерна» – совершенно другое, не партийное, а организационно-штатное мероприятие, проводимое по тем или иным причинам, и здесь действительно у Ики Рихардовича возникли проблемы, которые, впрочем, удалось решить самым нетривиальным образом.
Как раз к этому периоду относится возникновение вопроса, который не дает покоя исследователям уже несколько десятилетий: правда ли, что Сталин не доверял Зорге из-за близости последнего к Бухарину во время работы в Коминтерне?
Прежде всего, надо отметить, что в 1929 году сам Бухарин, формально не столько вычищенный, сколько выдавленный (он сам просил себя уволить) из руководства Коминтерна, сохранил жизнь, работу вне высшего партийного аппарата (оставаясь при этом членом ЦК партии) и даже квартиру в Кремле, ключи от которой ему когда-то вручил Сталин. Это произошло потому, что применительно к Бухарину это вообще была не чистка, а выяснение отношений с вождем. К этому времени Сталин уже все решил и «просчитывал ходы» в продвижении наверх – на самый пик власти, где двоим места не было. Но до сталинских чисток в более привычном нам, как ни страшно это звучит, кровавом понимании оставалось еще восемь лет, и следует оценивать события в их реальном времени. В 1929 году близость «невычищенного» Зорге к «вычищенному» Бухарину не являлась порочащим первого фактором, что видно хотя бы по результатам коминтерновской чистки. Да, Ика Рихардович был уволен, но нигде нет ни малейших следов того, что его увольнение связано с «товарищеским осуждением» Бухарина. Как мы видели, Зорге за четыре года работы в ИККИ и ОМС сам создал себе образ крайне неудобного, резкого в суждениях, не слишком склонного к уважению партийной иерархии и способного на нарушение партийной дисциплины (если убежден, что именно так и надо поступать) человека. Что же касается Бухарина, то Зорге, хотя и имел с ним рабочие контакты с 1926 года, а в короткий период работы над новой программой Коминтерна летом 1928 года даже исполнял (видимо, неофициально) обязанности его секретаря, никак не мог быть «близок» одному из лидеров Советского государства. Они принадлежали к разным эшелонам партийной номенклатуры, к тому же Зорге почти постоянно отсутствовал в Москве, что отражено и в коминтерновских документах. Да и о самой этой «близости» мы знаем только со слов самого Зорге, и подтверждений им нет.