Таганцев был арестован в последних числах июня в Вышнем Волочке, куда поехал в командировку. Первоначально ему вроде бы инкриминировали лишь незаконное хранение крупной денежной суммы. Возможно, это было уловкой. 1 июля была арестована жена Таганцева, 27-летняя Надежда, мать двоих детей. Академик Таганцев и его супруга были взяты под домашний арест.
В. Н. Таганцев. Так выглядел глава заговорщиков. Гумилев, вероятно, никогда его не видел, 1910-е
Между тем еще 30 мая — как раз накануне отъезда Гумилева в Крым — при нелегальном переходе финской границы был убит некто Юрий Павлович Герман. При нем были обнаружены (согласно книге Миронова) частное письмо от Бюро по защите прав русских за границей, статья С. Ухтомского «Музеи и революция» и пр. Однако в выписке из дела сказано, что при Германе были также листовки (по тысяче экземпляров каждая):
1. «Граждане! — о расстреле коммунистами лучших рабочих».
2. «Крестьяне, комиссары отбирают у вас весь хлеб, обещают отдать, не отдадут, заплатят пулей».
3. «Большевики распинают Россию».
В деле оригиналов этих листовок (и этих писем), судя по всему, нет. На первый взгляд это может служить подтверждением того, что их и не было никогда — весь заговор сфабрикован. Но зачем было чекистам хранить вещественные доказательства? Им ведь не требовалось доказывать свои обвинения перед судом — судом они сами и были, а ответственность они несли лишь перед собственным начальством, которое вдаваться в бумажные дела не любило и уж за чрезмерную суровость точно никого не карало. Этим же объясняется чудовищная неряшливость, с которой велись протоколы. Следователи постоянно путают имена-отчества своих подопечных (так, Гумилев в некоторых документах именуется Николаем Станиславовичем), даты их рождения и т. д. Обычное дело в 1937 году, но в 1921-м количество арестованных было все же на несколько порядков меньше.
Таганцев сначала молчал и сотрудничать со следствием отказывался. Отец его тем временем написал письмо Ленину с просьбой, во-первых, смягчить участь сына, во-вторых, вернуть отобранные при обыске лично ему, академику Таганцеву, принадлежащие вещи. 17 июля Ленин пишет Дзержинскому: «Очень просил бы рассмотреть как можно скорее заявление в обеих его частях…» Дзержинский отвечает:
Питерское ЧК дало распоряжение — немедленно вернуть вещи Таганцеву. Таганцев Владимир Николаевич — активный член террористической (правой) организации «Союз Возрождения России», связывающей и организующей матросов из Кронштадта в Финляндию, взорвавшей для опыта памятник Володарскому. Непримиримый и опасный враг Советской власти. Дело большое и не скоро закончится. Буду следить за ним.
Два дня спустя перед Лениным за Таганцева ходатайствовала его тетка, врач А. Кадьяк. Эта дама была личной знакомой Ленина, лечила его, отказывать ей в лицо ему было неудобно, и вождь просил своего секретаря Л. Фотиеву «написать ей: что я письмо прочитал, по болезни уехал и поручил Вам ответить: Таганцев так серьезно обвиняется и с такими серьезными уликами, что освободить его сейчас невозможно».
Ленин еще пару раз выражал пожелание смягчить участь отдельных обвиняемых (например, Тихвинского как активного сотрудника Сапропелевого и Нефтяного комитетов), но особо на своих ходатайствах не настаивал. Это существенно, поскольку имела хождение (вплоть до «перестроечного» времени) легенда о том, что Ленин помиловал Гумилева, но бумага была задержана некими злодеями и пришла уже после расстрела поэта. Восходит она к Горькому, который любил сочинять подобные истории — и сам же через какое-то время начинал в них верить. Это позволяло этому не способному на открытый цинизм человеку оправдывать свою дружбу (или по крайней мере союзничество) с большевиками.
С другой стороны, существует свидетельство А. Э. Коблановского, секретаря Луначарского: