В течении Александрийской войны, длившейся восемь месяцев, Цезарь запертый во дворце, покидал Клеопатру, только отправляясь в бой. Этот длинный медовый месяц показался ему еще коротким; он любил прекрасную царицу еще больше, чем в первые дни, и он не мог решиться расстаться с нею. Он забыл в объятиях Клеопатры чувство долга, свои интересы, самолюбие, опасности; он решился выехать из Александрии только на увеселительную прогулку с прекрасной царицей по Нилу. А между тем важные дела звали его в Рим, где царствовали смуты, где лилась кровь и где с 13 декабря прошлого года, не имели от него никаких писем. Также необходим он был в Азии, где Фарнас, победитель римских царей и легионов Домиция, завладел Понтом, Кападосом и Арменией. А между тем в Африке, Катон и последние помпейцы собирали в Утике громадное войско: четырнадцать легионов, десять тысяч нумидийской кавалерии и сто-двадцать боевых слонов; Цезарь был необходим и в Испании, где волновались умы, и грозило вспыхнуть восстание.
По распоряжению Клеопатры, для этой увеселительной поездки по Нилу были снаряжены три "фаламеги", т. е. большие плоскодонные яхты, употреблявшиеся еще Лагидами. Такая фаламега представляла из себя целый плавучий дворец; длина ее достигала пол-стадии, высота сорока футов, считая от поверхности воды. Судно это было многоэтажное с портиками, открытыми галереями, украшалось изящными бельведерами и проч. Внутреннее устройство фаламеги ни в чем не уступало наружному: там были множество комнат, устроенных со всеми удобствами и изяществом греко-египетской цивилизации; громадные залы были окружены колоннадами, тринадцатирядный балкон, окруженный столбами, потолок которого, выдолбленный в форме пещеры, был украшен яшмой, ляпис-лазурью, аметистами, алебастром, сапфирами и топазами. Сам корпус яхты был сделан из кедрового и кипрского дерева, паруса – из биссуса, снасти и веревки выкрашены пурпуром. Украшения фаламеги были самые разнообразные: всюду виднелись скульптурные работы лучших художников, гирлянды цветов, вьющихся растений, мозаичные украшения из мрамора, лабрадора, опала, кошачьего глаза. Для развлечения путешественников, на фаламегу приглашались акробаты, музыканты, актеры и целые отряды танцовщиц. Словом, на фаламеге недоставало ничего, свойственного роскоши и развлечениям Александрии.
Цезарь и Клеопатра с наслаждением мечтали об этой увеселительной поездке. Они намеревались проехаться вдоль "золотого Нила" мимо всех старинных городов Египта и достигнуть чудного края Эфиопии. Но в ожидании отъезда в легионах стали обнаруживаться признаки неудовольствия: слышался ропот, возмущение, офицеры позволяли себе прямо и даже дерзко говорить с Цезарем. Одно время он хотел взять Клеопатру с собою в Рим, но вскоре же должен был оставить этот план и решился идти в Армению, где опасности было больше всего и присутствие консула было необходимо. Цезарь оставил два легиона для охраны Клеопатры в Александрии и отправился в Антиохию.
Во все время, пока Цезарь воевал в Армении и Африке (от июля 47 до июня 46-го года) Клеопатра оставалась в Александрия. Когда Цезарь уезжал в Армению, она была уже беременна и несколько месяцев после отъезда диктатора Клеопатра родила сына. Она назвала его Птолемеем-Цезарионом, объявляя, таким образом, открыто свои интимные отношения с Цезарем, которые, впрочем, и без того были небезызвестны в Александрии.