Эта сцена произвела сильное впечатление на александрийцев. Тем не менее, Цезарь опасался восстания. Он поспешил вызвать в Александрию новые легионы, сформированные им в Малой Азии вместе с остатками войска Помпея. Но гораздо раньше, чем эти подкрепления могли прибыть, египетское войско из под Пелузы, по тайному распоряжению Пофена, вступило в город, с целью изгнания римлян. В то же время младшая сестра Клеопатры, Арзиноэ, при содействии евнуха Ганимеда и против воли Птолемея (все еще арестованного Цезарем), вышла из дворца и была признана народом и войском наследницей Лагидов. Это войско состояло из восемнадцати тысяч фантассинов (пехоты) и двух тысяч кавалерии и своим предводителем выбрало Акилла. Население Александрии было заодно с войском против иностранцев. У Цезаря было всего только четыре тысячи человек, считая вместе с экипажами его судов. Он находился в крайней опасности. Занимая с этой горстью людей дворцы Брухиума, он был осажден со стороны города солдатами Акилла и вооруженною чернью, а флот его, стоявший на якоре в большой гавани, был как в плену, так как неприятель занял проходы Озириса и Гептастада. Цезарь даже боялся, как бы флот его, обреченный на бездействие, не попал в руки александрийцев, которые воспользовались бы им для того, чтобы не пропускать вновь прибывающих воинов и провианта. Цезарь поджег свои корабли и тем избегнул этой первой опасности. Этот громадный пожар распространился на набережную и уничтожил массу домов и строения, между прочим Арсенал, Библиотеку и склады хлеба. Египтяне в ожесточении бросились в атаку, но легионеры, столь же хорошие землекопы, как и отважные солдаты, скоро преобразили Брухиум в неприступную позицию. Везде появились земляные насыпи, баррикады, фортификационные палисады. Театр обратился в крепость. Римляне выдержали двадцать приступов, не уступая ни одного вершка земли. Цезарь даже успел завладеть островом Фаросом, позицией, которая делала свободным проход в большой порт. Египтяне воображали, что будут победителями, если вместо женщины Арсиноэ, у них во главе будет Птолемей. Они велели передать Цезарю, что они воюют только потому, что он держит под арестом их царя, и как только он возвратит Птолемею свободу, они прекратят военные действия. Цезарь, знавший александрийцев, дал себя уговорит и выпустил Птолемея. Как только Птолемей прибыл в египетскую армию, война возобновилась с новым ожесточением. Но в это время по морю прибыло на помощь Цезарю первое подкрепление, 37-й легион. Война продолжалась без особого успеха на какой-либо стороне с начала весны 47-го года. Тогда распространилось известие, что Пелузы взяты приступом каким-то войском, спешившим на помощь Цезарю. Это был союзный корпус Митридата Пергамейца, шедшего из Сирии. Египтяне, опасаясь попасть между двух огней, отправились навстречу Митридату. Первое сражение, оставшееся нерешенным, произошло около Мемфиса. Но через несколько дней Цезарь, покинув Александрию, соединился с корпусом Митридата. Произошло второе сражение. Египтяне были разбиты по частям, а Птолемей утопился в Ниле. После этой победы, Цезарь, во главе своего войска, вернулся в Александрию. Буйная чернь, убедившаяся с этого момента в силе римского оружия, приняла консула со знаками уважения.
Таким образом кончилась Александрийская война, которую скорее следовало бы назвать войною Клеопатры, так как эту войну, бесполезную для славы Цезаря, вредную для его интересов, безразличную для его отечества и в которой он мог потерять и жизнь, и славу, Цезарь вел только из-за своей любви к Клеопатре.
За восемнадцать лет до этих событий Цезарь, будучи еще эдилом [Эдил – начальник полиции в Риме.], пытался осуществить завещание Александра II, по которому Египет должен был быть передан римлянами. Теперь Египет был покорен. Цезарю оставалось сказать только слово, и обширное и богатое государство это стало бы римской провинцией. Но в 65 году Клеопатра еще только родилась, в 65 году Цезарь не был еще знаком с этою «Нильской змеей», как называет ее Шекспир. Консул и не думал напоминать о своих предположениях в бытность свою эдилом. Первым делом, возвратясь в Александрию, Цезарь заставил признать Клеопатру царицею Египта. Тем не менее, желая пощадить чувства египтян, он решил, что Клеопатра должна выйти замуж за второго своего брата Птолемея Неотороса и разделить с ним престол. Но, как замечает Дион, этот союз и разделение были так же фиктивны, как и в первый раз. Молодой принц, имевший всего пятнадцать лет от роду, не мог еще быть ни царем, ни мужем царицы. По внешности Клеопатра была женой своего брата и разделяла с ним престол; в действительности же она царствовала одна и оставалась любовницей Цезаря.