Александр Порфирьевич Бородин поступил в академию вольнослушателем вскоре после перехода Зинина. Николай Николаевич с первых же встреч угадал в Бородине будущего химика и стал готовить из этого стройного, хорошо воспитанного, пылкого юноши своего преемника по кафедре. На химию, как на свое призвание, смотрел и сам Бородин. По окончании академии он постоянно жаловался на то, что его назначили ассистентом по кафедре терапии и он не имеет времени всецело посвящать себя химии.
— Ну, что с тобой делать, дружище, — решил Николай Николаевич, — приходи ко мне домой. Будем и там работать…
Так Бородин был допущен в домашнюю лабораторию Зинина.
«Это была крохотная комнатка при его частной квартире на Петербургской стороне. Уставленная разнокалиберными простыми столиками, она была загромождена сверху донизу. Чего только тут не было?! Все углы, пол, столы, окна завалены были по обыкновению книгами, журналами, образцами товаров, минералами, бутылями, кирпичами, битыми оконными стеклами, канцелярскими бумагами и прочим. Все столы были уставлены сплошь примитивной химической посудой всякого рода, с обрывочками цедильной бумаги под нею — на таких обрывочках Николай Николаевич имел обыкновение записывать карандашом свои заметки и результаты опытов. Тут же стояли самодельные приборы, составленные из всевозможных трубочек, шнурочков, пробочек, аптекарских баночек и коробочек — импровизированные штативы и, как контраст, необходимые предметы научной роскоши: эртлинговокие весы, микроскоп Шика, спиртовая печь Гесса для органического анализа, эолипил, заменявший собою паяльный стол. Тут же были банки с мелкими животными в спирту, восковые ванночки, инструменты для препарирования — свидетели, 'что в Николае Николаевиче не остыла еще страсть к сравнительной анатомии, которой он по временам отдавал свои досуги и мимоходом учил своих учеников. Роль тягового шкафа исполняла обыкновенная голландская печь, и, нужно сказать правду, исполняла плохо…»
Казалось, на столах не было места, куда приткнуть маленькую пробирку; тем не менее по воле хозяина всегда отыскивалось место еще для новых подобных приборов и банок.
Ничья рука не имела права нарушить порядок в этом беспорядке. И в такой-то архаической обстановке Николай Николаевич делал те изящные и поразительно точные исследования, которые открыли ему с почетом двери в европейские академии и поставили его имя наряду с крупнейшими именами западных химиков.
«В это святилище науки допускались, впрочем, ученики, когда им нужно было делать сжигания, точные определения и т. д. Прийти к Николаю Николаевичу делать анализ значило по-приятельски пообедать с ним, напиться чаю и, кроме драгоценных указаний касательно анализа, вынести мимоходом кучу сведений по химии, физике, зоологии, сравнительной анатомии, математике и т. д. — сведений, которых порой нельзя было почерпнуть ни в одном из учебников», — говорит Бородин.
Таким образом, после знакомства с домашней лабораторией учителя Бородин познакомился и с домашней жизнью Николая Николаевича, с его женою Елизаветой Александровной и ребятами-погодками: черноглазым Святославом, миловидными девочками Лизой и Варей и младшим, последним, Николаем, разумеется самым любимым.
Николай Николаевич женился через год после приезда в Петербург и не ошибся в своем выборе, хотя знакомство их произошло случайно, в петербургском Большом театре, на представлении «Аскольдовой могилы», где места их оказались рядом.
Глубину своей привязанности к жене, детям, ко всему укладу жизни в семье Николай Николаевич почувствовал, уезжая на Кавказ с Дубовицким.
Не теряя мысли об уходе из академии, Петр Александрович весной 1852 года решил ехать на кавказские минеральные воды лечиться. Медицинский департамент поручил ему заодно заняться исследованием вод в терапевтическом отношении. Вместе с Дубовицким для совместного исследования вод получил командировку и Зинин. Ему сверх того поручено было после Кавказа направиться в Крым для исследования грязей.
Закутанные облаками вершины гор, каменные дороги под ногами, гортанный говор местных жителей, буйволы и арбы пробудили схороненные в памяти воспоминания детства. Погруженный в лиризм Николай Николаевич читал Дубовицкому наизусть целыми главами «Демона» и полностью всего «Мцыри». Петр Александрович не переставал удивляться невероятной памятливости своего спутника и иногда, испытывая ее, спрашивал вдруг:
— Николай Николаевич, что это за «иудины уши», о которых вчера говорил ямщик?
— Гриб, похожий на ухо. В народе пользуются им, как охлаждающим средством при воспалении глаз, — спокойно отвечал Николай Николаевич и принимался за лирику Лермонтова.
Лиризм исчез, как только приступили к организации исследований. Тогда начались разговоры о положении дел в академии, о необходимости перестройки учебных программ, о постройке отдельного, специального Естественноисторического института с аудиториями и кабинетами по основным разделам естествознания.