В «Истории Императорской Военно-Медицинской академии» приводится интересный факт, характеризующий, с одной стороны, попечителей и отношение их к конференции, а с другой — вообще положение ученого сословия академии пред лицом попечителей:
«Анненков обратил внимание конференции, что выражения в отчете, читанном на акте адъюнкт-проф. Олендзским, о попечении его Анненкова (как-то: название его меценатом, близким сановником императора, нисхождение от ступеней престола, недоступность высокого ума и добродетели и проч.) должны считаться совершенно недопустимыми и даже неприличными, так как, во-первых, попечение начальства о пользе вверенного ему заведения принадлежит к прямым его обязанностям и, следовательно, не заслуживает никакой особой похвалы, а во-вторых, подобная похвала, изъявленная в присутствии самих начальников, в глазах посторонних лиц может почесться прямою лестью. Поэтому просил впредь отчеты и речи, предназначенные читаться в торжественных публичных собраниях, предварительно рассматривать на общем собрании конференции, а из настоящего отчета, если его предположено напечатать в академическом журнале или каком-либо другом периодическом издании, «все льстивые выражения на счет академического начальства и собственно меня исключить». Президент, принимая всю вину на себя, просил обратить весь выговор на него: «Чрез меня конференция получила совершенно невинным образом столь чувствительное для ученого общества нарекание, тем более что предписание Вашего превосходительства должно быть объявлено в полном присутствии и записано в протокол, следовательно остается навсегда в летописях академии и может возбудить невыгодное впечатление на все учебное наше заведение…» Попечитель согласился «отнестись по сему предмету» вместо конференции к Шлегелю».
Мелочная опека над профессорами, над конференцией не способствовала, разумеется, улучшению преподавания, успешности студентов.
По планам министерства Уварова гимназисты направлялись в университеты; Медико-хирургическая академия довольствовалась в основном присылаемыми ей семинаристами. Заменяя в 1851 году ученого секретаря, исполнявшего обязанности находившегося при смерти Шлегеля, Николай Николаевич пришел в ужас от самих прошений, подаваемых желающими поступить в академию.
Студент высшего богословского класса Тамбовской семинарии Петр Халев писал:
«Желание раздельно понять некоторые метафизические истины и рвение сделаться полезнейшим членом общества, нежели каким могу быть теперь, побуждает меня продолжать науки по окончании семинарского курса. Предметы, особенно привлекающие мое внимание, суть следующие: во-первых, мне очень желательно изыскать основательнейшие и твердейшие доказательства на то, что мыслящая сила в нас не есть следствие телесного организма, как утверждают материалисты, но что она есть существо простое, по натуре своей различествующее от тела; во-вторых, желательно узнать яснее, как сие существо соединено с человеческим телом. Но как сии сведения могут быть приобретены токмо через подробное рассмотрение человеческого естества или вообще через прилежное упражнение в медицинской науке, то я всепокорнейше прошу принять меня в число учеников Медико-хирургической академии».
Многие из таких богословов не выдерживали вступительных экзаменов; случалось, что вступившие в академию сами покидали ее или их исключали за неуспешность.
Порядок присылки семинаристов в академию был установлен высшими начальниками. Изменения такого порядка не мог добиться даже сам баронет Виллье в бытность свою президентом академии.
На заседаниях конференции Зинин столкнулся с борьбой двух партий, кратко именовавшихся «немецкой» и «русской». Не только серьезные вопросы, но и самые пустые, в сущности, вызывали при обсуждении их ожесточенные пререкания, взаимные резкости и оскорбления. Так, например, враждующие партии не могли договориться даже по вопросу о том, на какой срок избирать ученого секретаря, и вопрос в пользу пятилетнего срока решен был «высочайшим повелением». Немецкая партия стояла за назначенного, а не выборного секретаря.
Дубовицкий, возглавлявший русскую партию, и сам Николай Николаевич, ненавидевший немецкое самохвальство, педантическую ограниченность и ученую тупость, защищали не друзей, а русскую идею, боролись с недружелюбным влиянием иностранцев, а не с членами конференции.
В сентябре 1851 года Шлегель умер. Президентом был назначен директор медицинского департамента Военного министерства Венцеслав Венцеславович Пеликан.
В противоположность возвратившемуся к исполнению своих обязанностей ученому секретарю Николай Николаевич был полон энергии и готовности сражаться за всяческое обновление академии. Дубовицкий же устало и безнадежно заговорил об отставке.