Однако вскоре командованию Южного фронта стало известно, что румыны, не выполнив обязательств, начали спешно вывозить с освобождаемой территории все, что только можно.
На другой день после этого Жукова по ВЧ вызвал Сталин, который сообщил о поступившей от посла Румынии жалобы на то, что советское командование, нарушив заключенный договор, выбросило воздушный десант на реку Прут, отрезав все пути отхода. Посол утверждал, что советское командование высадило «с самолетов танковые части и разогнало румынские войска». Жуков доложил Сталину о принятых им мерах и сказал, что танки по воздуху не перебрасывал, так как для этого нет специальных самолетов. По-видимому, добавил, он, «отходящим войскам с перепугу показалось, что танки появились с воздуха». Сталин рассмеялся и сказал: «Соберите брошенное оружие и приведите его в порядок. Что касается заводского оборудования и железнодорожного транспорта — берегите его. Я сейчас дам указание наркомату иностранных дел о заявлении протеста румынскому правительству».
На VIII сессии Верховного Совета СССР в начале августа 1940 года были приняты законы, юридически оформившие включение в состав Советского Союза трех республик Прибалтики и образование Молдавской ССР.
Несмотря на изящность операции, проведенной Жуковым, поход войск Южного фронта в Бессарабию и Северную Буковину выявил значительные недостатки в их подготовке и обучении. В своей директиве от 17 июля 1940 года командующий Киевским Особым военным округом выделил плохую организацию штабами марша и службы регулирования, отсутствие в наземных войсках средств связи с авиацией, неумение осуществлять маскировку при расположении на отдых и вести наблюдение за воздухом, невысокую степень подготовки красноармейцев и конного состава к совершению длительных и особенно ночных маршей, слабую организацию артиллерийской разведки, недостаточную отработку взаимодействия танков с пехотой и артиллерией, неудовлетворительную подготовку понтонных и саперных батальонов к организации переправ и наведению мостов. И снова отмечается отсутствие должной воинской дисциплины, что привело к большому количеству нарушений порядка и чрезвычайных происшествий.
Проанализировав итоги похода, Жуков коренным образом изменяет план боевой подготовки войск округа. Разработанный им комплекс мер затрагивает вопросы боеготовности всех подразделений, частей и соединений, всего личного состава — от бойца до командира высшего звена. В целях выработки скорости и оперативности в выполнении боевых задач предписываются систематические тренировки подъемов по тревоге. Отныне только по тревоге поднимаются войска на полевые учения. В тактической подготовке начсостава и войск упор делается на отработку наступательного боя с преодолением полосы заграждения и крупных водных преград, оборонительного боя с устройством полосы заграждения, разведки. Марши и боевые действия мехсоединений и частей отрабатываются в трудных условиях местности: лесисто-гористой, болотистой и песчаной. В подготовке штабов и совершенствовании управления войсками за основу берется управление по радио и с помощью самолетов. В план боевой подготовки входят также стрелковые, спортивные и конно-спортивные соревнования.