27 июня Ставка отдала директиву командующему группой армий резерва Главного командования маршалу Буденному срочно занять и оборонять рубеж по рекам Западная Двина и Днепр, от Краслава до Лоева, и не допустить прорыва немцев на Москву. Штаб группы переводился из Брянска в Смоленск. В районы Смоленска и Витебска с Украины перебрасывалась 16-я, а через несколько дней — и 19-я армия. На московском направлении создавалась глубоко эшелонированная оборона.
Несмотря на то, что контрудары советских войск не достигали целей, Ставка Главного командования по-прежнему требовала от них ведения активных наступательных действий.
Не получилось. Противник двигался на восток.
29 июня в Кремле Сталин с членами Политбюро нагрянул в Наркомат обороны, чтобы подробнее разобраться с обстановкой в Белоруссии. В наркомате их встретили Тимошенко, Жуков и Ватутин. Короткий доклад: связь с войсками Западного фронта потеряна, меры по ее восстановлению приняты, но на это потребуется много времени. Через некоторое время Сталин взорвался и обрушился на Жукова: раз нет связи, штаб бессилен руководить.
Жуков, оскорбленный грубым окриком, выбежал в другую комнату. За ним пошел Молотов. Все были в удрученном состоянии. Через несколько минут Жуков, внешне спокойный, вернулся. Договорились (по предложению Сталина), что на связь с Западным фронтом пойдет Кулик.
Решение Ставки Главного командования о переходе к стратегической обороне явилось первым шагом на пути из плена беспочвенных иллюзий. Но провал военно-стратегических идей Сталина оказался слишком глубоким — огромные жертвы и катастрофические неудачи начального периода войны требовали объяснений. 30 июня Сталин позвонил Жукову и приказал вызвать в Москву командующего Западным фронтом генерала армии Павлова.
Когда на следующий день Жуков увидел Павлова, то едва узнал его — так изменился Дмитрий Григорьевич за несколько дней войны. В тот же день Павлов был отстранен от командования фронтом и вскоре предан суду военного трибунала. Вместе с ним за „преступную деятельность“ осудили начальника штаба генерала В.Е.Климовских, начальника связи генерала А.Т.Григорьева, начальника артиллерии генерала Н.А.Клича, командующего 4-й армией генерал-майора А.А.Коробкова и других генералов Западного фронта. Все они были расстреляны. Много лет спустя после тщательного и всестороннего расследования, проведенного работниками Генерального штаба, все „виновники“ белорусской трагедии были реабилитированы „за отсутствием состава преступления“.
И над другими честными и способными командирами нависла угроза необоснованных наказаний. Как только командующий Северо-Западным фронтом генерал Ф.И.Кузнецов отдал войскам приказ отойти с рубежа реки Западная Двина и занять Островский, Псковский и Себежский укрепленные районы, Сталин немедленно снял его с должности. А новому командующему фронтом генералу П. П. Собенникову приказал восстановить прежнее положение на рубеже реки Западная Двина. Войска, получив новый приказ, оказались не в состоянии ни наступать, ни обороняться. Почувствовав неразбериху, немецкие войска нанесли удар в стык 8-й и 27-й армий и прорвали фронт.
Положение на фронтах требовало чрезвычайных мобилизационных мер. С этой целью 30 июня постановлением ЦК ВКП(б), Президиума Верховного Совета СССР и СНК СССР был создан Государственный Комитет Обороны (ГКО), который возглавил Сталин. В руках ГКО концентрировалась вся полнота власти в стране. Для организации отпора врагу Ставка включила в состав Западного фронта всю группу резерва Главного командования — 19, 20, 21 и 22-ю армии — и назначила командующим фронтом наркома обороны Тимошенко. В тылу фронта, в районе Смоленска, сосредоточивалась 16-я армия.
С отъездом наркома на фронт вся тяжесть ответственности за боевые действия войск легла на Генеральный штаб и его начальника. А с постоянным ухудшением обстановки на фронтах все более неровным и крайне нервозным становилось поведение Сталина. Объем работы Генерального штаба необычайно возрос, в сферу его деятельности входили и такие важнейшие вопросы, как проведение мобилизации, работа тыла, железных дорог. Георгий Константинович и его сотрудники буквально задыхались. По настоянию Жукова Генеральный штаб в начале июля был перестроен и стал нацелен исключительно на решение задач по руководству вооруженной борьбой. Из его состава были выведены Организационное и Мобилизационное управления.
В эти дни Жуков работал с огромным напряжением физических и умственных сил. Рядом с кабинетом имелась небольшая комната, где он и спал, как правило, с пяти до девяти часов утра. Но нередко и в это время он вызывал подчиненных, давал поручения. Квартира Жукова находилась тогда на Берсеневской набережной, но домой он заглядывал редко.