А. Ф. Лосева обвинили, и это самое главное, в связях с якобы существовавшей церковно-монархической организацией «Истинно-православная церковь». А. Ф. Лосев и В. М. Лосева действительно активно участвовали в церковной жизни. Они соединяли свое имяславие с «антисергианством», то есть непримиримой позицией местоблюстителей покойного патриарха Тихона митрополитов Петра (Полянского), Кирилла (Смирнова) и большинства высоких иерархов в отношении митрополита Сергия (Страгородского), вступившего в компромисс с безбожной советской властью. В годы гонений на церковь супруги приняли в 1929 году тайный монашеский постриг от афонского старца, своего духовника, архимандрита Давида (Мухранова) под именем Андроника и Афанасии[256].
Так А. Ф. Лосев очутился 18 апреля 1930 года на Лубянке. Далее — семнадцать месяцев во Внутренней тюрьме, четыре с половиной месяца в одиночке, перевод в Бутырки, пересыльную тюрьму, где 20/IX 1932 года предъявили приговор — десять лет лагерей[257].
В. М. Лосева переживает арест своего мужа, последовавший за выходом «Диалектики мифа», и речь Л. Кагановича на XVI съезде ВКП(б), утешается тем, что приняла участие в общих страданиях. Ей трудно, но «по силам», она понимает страдания матерей-христианок, вынужденных отдавать детей на муки (запись 17, 21 /V 1930 года). Вспоминает прощальные слова о. Давида после принятия Святых Тайн Алексеем Федоровичем накануне ареста: «Да сохранит Вас Христос, да даст Вам благодать хранить истину». Однако 5 июня, в годовщину венчания, Валентину Михайловну тоже арестовывают и дают пять лет лагерей. Вместе с Валентиной Михайловной арестовали и о. Митрофана (Михаила Тихоновича Тихонова), иеромонаха Зосимовой пустыни, закрытой в 1923 году, куда наезжали Алексей Федорович и Валентина Михайловна. Иеромонах о. Митрофан был близок к игумену пустыни Герману, после его смерти нашел надежное пристанище у Лосевых под видом старого дядюшки. Пришлось расстаться и с о. Досифеем (Шониным) из Аносиной пустыни, у которого исповедовались Лосевы, посещая любимую ими обитель[258].