О незнании истинной сущности крещения Иоанна свидетельствует теория христианского крещения как крещения водой и Духом, которая развивается в повествовании, относящемся к одному из поздних слоев Деяний апостолов. Верующие в Эфесе приняли только крещение водой и даже не слыхали о том, что есть Святой Дух. Затем они были вновь крещены Павлом и в результате того, что он возложил на них руки, восприняли Дух (Деян. 19:1—7). Искусственный характер этой теории становится очевидным из ответа учеников на вопрос об их первом крещении: они сказали, что крестились "во Иоанново крещение". Тем самым крещение Иоанна, по аналогии с крещением в Иисуса, представляется как крещение "в" Иоанна. В равной степени неверно и то, что появившийся здесь Павел разъясняет недостаточно окрещенным верующим, а именно что Иоанн осуществлял лишь крещение покаяния и что под Большим, который должен прийти, он имел в виду Иисуса. Автор Деяний, как и современные исследователи, не видит, что крещение Иоанна совершалось ввиду грядущего излияния Духа и что под тем, который должен прийти, он имел в виду не Мессию, а Илию. Благодаря этому месту из Деяний создался ложный взгляд на проповедь и крещение Иоанна Крестителя, державшийся в течение столетий.
Не исключено, что движение приверженцев Иоанна Крестителя продолжало существовать наряду с первохристианской общиной, хотя это кажется не слишком вероятным. Во всяком случае, весьма сомнительно, что Деян. 19:1—7 можно рассматривать как реальное сообщение о существовании такого движения.
Теория, содержащаяся в этом более позднем слое Деяний, неверна еще и в том отношении, что, согласно рассказу, Дух был воспринят не через крещение как таковое, а через возложение рук апостолов, к которым здесь приравнивается Павел (Деян. 19:6). Самаряне, крещенные Филиппом во имя Христа, стали обладателями Духа только в результате последующего наложения рук Петра и Иоанна (Деян. 8:12—17). Таким образом, эта ложная теория христианского крещения связана с ошибочным взглядом на возложение рук апостолами как на некое дополнение к крещению.
Следовательно, тенденция рассказа в Деян. 19:1—7 заключается в том, чтобы провести линию раздела между крещением Иоанна и христианским крещением и одновременно включить Павла в число апостолов (ввиду того что возложением рук он дарует Дух).