Святой равноапостольный Николай, архиепископ Японский, в миру Иван Димитриевич Касаткин, родился 1 августа 1836 года в селе Береза Вольского уезда Смоленской губернии, где его отец служил диаконом. Ребенка назвали в честь славного Пророка, Предтечи и Крестителя Господня. Пяти лет он потерял мать. Окончив Вельское духовное училище, а затем Смоленскую духовную семинарию, в 1857 году Иван Касаткин был отправлен на казенный счет в Санкт-Петербургскую духовную академию, где учился до 1860 года. Прочтя объявление с предложением отправиться кому-нибудь из окончивших академический курс в Японию на роль настоятеля церкви при недавно открытом русском консульстве в городе Хакодатэ, Иван в тот же день во время всенощной решил, что должен принять монашество и ехать в Японию. Ректор академии, епископ Нектарий (Надеждин), благословил его порыв. 23 июня 1860 года в академическом храме Двенадцати Апостолов юношу постригли в монашество с именем Николая. В день памяти первоверховных апостолов Петра и Павла, 29 июня, инок Николай был посвящен во иеродиакона, а 30 июня – в престольный праздник академического храма – в сан иеромонаха.
Зиму 1860–1861 года иеромонах Николай провел в Николаевске-на-Амуре, где он встретился со святителем Иннокентием (Вениаминовым), просветителем Сибири и Аляски, который благословил его и посоветовал вплотную заняться изучением японского языка. Видя бедную рясу иеромонаха, святитель купил хороший бархат и сам выкроил рясу отцу Николаю, а также возложил на него свой наградной наперсный крест.
2 июля 1861 года иеромонах Николай прибыл в японский порт Хакодатэ. В условиях гражданской войны, нападений на иностранцев и строгого запрета на христинство проповедь Евангелия в Японии казалась совершенно немыслимой. По словам самого отца Николая, «тогдашние японцы смотрели на иностранцев как на зверей, а на христианство – как на злодейскую церковь, к которой могут принадлежать только отъявленные злодеи и чародеи». Восемь лет ушло на то, чтобы изучить страну, народ, язык, нравы, обычаи тех, среди кого предстояло проповедовать, и к 1868 году паства отца Николая насчитывала уже около двадцати японцев. Первым японцем, обращенным в Православие иеромонахом Николаем, стал Такума Савабэ, бывший самурай, синтоистский жрец и превосходный фехтовальщик, принявший Крещение вместе с двумя друзьями.
В 1868 году Япония встала на путь реформ, ориентированных на европейские модели, и появились надежды расширить проповедь. Иеромонах Николай отправляется в Россию испросить разрешение Святейшего Синода открыть в Японии Русскую духовную миссию. В 1870 году император Александр II высочайше утвердил определение Святейшего Синода об учреждении Японской духовной миссии. Отец Николай был возведен в сан архимандрита и назначен начальником этой миссии. Вернувшись в Японию, будущий святитель передал хакодатскую паству иеромонаху Анатолию, а сам перенес центр миссии в Токио. В 1871 году в стране началось гонение на христиан, многие подвергались преследованиям (в том числе первый православный японец, знаменитый впоследствии миссионер-священник Павел Савабе). Только к 1873 году гонения утихли, и стала возможна свободная проповедь христианства.
В тот же год архимандрит Николай приступил к строительству в Токио церкви и школы на пятьдесят человек, а затем и духовного училища, которое в 1878 году было преобразовано в семинарию.
В 1874 году в Токио прибыл преосвященный Павел, епископ Камчатский, чтобы рукоположить во священный сан рекомендуемых архимандритом Николаем кандидатов из местного населения. К этому времени при миссии в Токио действовали четыре училища – катехизаторское, семинарское, женское, причетническое, а в Хакодатэ два – для мальчиков и девочек. Во второй половине 1877 года миссией стал регулярно издаваться журнал «Церковный вестник». К 1878 году в Японии насчитывалось уже четыре тысячи сто пятнадцать христиан, существовали многочисленные христианские общины. Богослужение и преподавание на родном языке, издание книг религиозно-нравственного содержания – вот средства, которые позволили миссии добиться за короткий срок столь значительных результатов.
30 марта 1880 года в Троицком соборе Александро-Невской лавры состоялась хиротония архимандрита Николая во епископа. Архимандрит Николай посетил Санкт-Петербург, Москву, Казань, Киев и Одессу, собирая добровольные пожертвования на строительство кафедрального собора в Токио. Собор Воскресения Христова был освящен 8 марта 1891 года и стал одним из величайших зданий японской столицы, широко известным среди японцев как «Никорай-доо» («храм Николая») в честь просвятителя Японии.