Новые миссионерские труды предстояли здесь архиепископу Иннокентию. Якуты, принимая Крещение главным образом из-за подарков и некоторых льгот, оставались почти в полном неведении христианства и, вследствие редкого посещения их священниками, часто сохраняли прежние языческие верования и обычаи. Верный своим принципам, архиепископ Иннокентий немедленно принялся за просвещение страны, открывая храмы и часовни, переводя на якутский язык священные и богослужебные книги, для чего им была организована специальная комиссия. 19 июля 1859 года в якутском Троицком соборе впервые было совершено богослужение на якутском языке. Преосвященный сам служил молебен и читал Евангелие. Якутов до того тронуло это событие, что старшины их от лица всех своих собратьев представили владыке Иннокентию просьбу, чтобы день этот навсегда стал праздничным. Кроме этого, велась работа по переводу священных и богослужебных книг и на тунгусский язык.
Несмотря на свои уже преклонные лета, архиепископ почти постоянно предпринимал путешествия по своей еще более расширившейся епархии, часто подвергая себя разного рода лишениям и опасностям. В одно из таких путешествий, находясь в Аянском порту, он едва не был взят в плен англичанами, которые в связи с Крымской войной напали на российские дальневосточные владения. Миссионерское рвение архиепископа Иннокентия простиралось и на более отдаленные народы, жившие по Амуру и даже за границей с Китаем.
В конце июня 1857 года архиепископ Иннокентий был вызван в Петербург для присутствия в Святейшем Синоде. Его участие в работе высшего органа церковного управления помогло благополучно разрешить вопрос об открытии викариатства на Ситхе и в Якутске. Кафедру решено было перевести в Благовещенск, где преосвященный Иннокентий продолжал дело своего служения, неусыпно заботясь о поддержании Православия в епархии. Отсюда он предпринимал частые путешествия по Амуру и по другим областям для личного надзора и наставления новообращенных. Дважды (в 1860 и в 1861 гг.) святитель Иннокентий встречался с апостолом Японии – святителем Николаем, делясь с ним своим духовным опытом.
В 1867 году скончался Московский митрополит Филарет и на место почившего был назначен архиепископ Иннокентий. С глубоким смирением принял преосвященный Иннокентий новое свое назначение. Ему было уже более семидесяти лет, он был почти слеп, но все-таки преисполнен сил и рвения к деятельности. За новыми заботами он не забывал своего миссионерского призвания. С целью проповеди Евангелия на окраинах России в январе 1870 года им было учреждено миссионерское общество. Во многих епархиях были открыты соответствующие комитеты.
Однако среди всех пастырских трудов и забот старость и недуги телесные давали о себе знать. Митрополит дважды ходатайствовал об увольнении на покой, однако просьбы его были отклонены. С некоторого времени ему пришлось отказаться от поездок по епархии, которые теперь за него совершали его викарии. На Страстной неделе, почувствовав приближение кончины, он попросил себя пособоровать. Последний раз приобщался в Великий четверг. 30 марта 1879 года он потребовал к себе преосвященного Амвросия (позднее епископа Харьковского) для чтения канона на исход души, а 31 марта в 2 часа ночи его не стало. Святитель был погребен в Духовской церкви Троице-Сергиевой лавры, вместе со святителем Филаретом, который глубоко чтил святителя Иннокентия и нередко говорил о святом миссионере-иерархе: «В нем есть что-то апостольское».
Православная Церковь приснопамятного митрополита Иннокентия, святителя Московского и апостола Америки и Сибири причислила к лику святых, благодатию Божиею прославляемых.
Память святителя Иннокентия празднуется 31 марта (13 апреля по н. ст.), в день блаженной кончины, и 23 сентября (6 октября по н. ст.), в день его прославления, а также 10 июня (23 июня по н. ст.) вместе со всеми сибирскими святыми, прославленными в 1984 году.
Святой равноапостольный Николай, архиепископ Японский