Приехав на Уналашку, отец Иоанн Вениаминов нашел крайнюю скудость решительно во всех сторонах жизни и миссионерского дела. На острове не было даже храма, и богослужение совершалось в ветхой часовне. Поэтому первой заботой отца Иоанна было построение храма, что, однако, оказалось делом нелегким, так как из алеутов никто работать не умел, и миссионеру пришлось предварительно обучать их плотничному, столярному и другим ремеслам. В построенном наконец храме многое, как, например, престол и иконостас, было сделано руками самого отца Иоанна. Одновременно он усердно изучал алеутский язык. Все это помогло ему с большим успехом заниматься миссионерской деятельностью. Его постоянные проповеди и беседы отличались простотою и доступностью и были согреты таким непосредственным христианским чувством, что производили большое впечатление и устанавливали настоящие сыновние отношения паствы к своему пастырю.
Помимо Уналашки, отец Иоанн Вениаминов часто бывал и на других островах, наставляя свою паству и проповедуя слово Божие среди некрещеных. Многие трудности и опасности ему приходилось переносить в подобных путешествиях, совершавшихся на утлой туземной лодке в холод и непогоду. Но зато во время бесед с алеутами, когда, по словам отца Иоанна, «скорее утомится самый неутомимый проповедник, чем ослабнет их внимание и усердие к услышанию слова», он «деятельно узнал утешения христианской веры, эти сладостные и невыразимые прикосновения благодати». О чудесном же случае во время одного из таких посещений отец Иоанн рассказывает так.
«Проживши на Уналашке почти четыре года, я в Великий пост отправился в первый раз на остров Акун к алеутам, чтобы приготовить их к говению. Подъезжая к острову, я увидел, что они все стояли на берегу наряженными, как в торжественный праздник, и когда я вышел на берег, то они все радостно бросились ко мне и были чрезвычайно со мною ласковы и предупредительны. Я спросил их: почему они такие наряженные? Они отвечали: “Потому, что мы знали, что ты выехал и сегодня должен быть у нас. На радостях мы и вышли на берег, чтобы встретить тебя”. – “Кто же вам сказал, что я буду у вас сегодня, и почему вы узнали меня, что я именно отец Иоанн?” – “Наш шаман, старик Иван Смиренников, сказал нам: ждите, к вам сегодня приедет священник, он уже выехал и будет учить вас молиться Богу; и описал нам твою наружность так, как теперь видим тебя”. – “Могу ли я видеть этого вашего старика-шамана?” – “Отчего же, можешь; но теперь его здесь нет, и когда он приедет, то мы скажем ему, да он и сам без нас придет к тебе”».
Это обстоятельство хотя чрезвычайно меня и удивило, но я все это оставил без внимания и стал готовить их к говению, предварительно объяснив им значение поста и прочее, как явился ко мне этот старик-шаман и изъявил желание говеть, и ходил очень аккуратно. Я все-таки не обращал на него особенного внимания и во время исповеди упустил даже спросить его, почему алеуты называют его шаманом. Приобщив его Святых Таин, я отпустил его… И что же? К моему удивлению, он после причастия отправился к своему тоену (старшине) и высказал свое неудовольствие на меня, а именно за то, что я не спросил на исповеди, почему алеуты называют его шаманом, так как ему крайне неприятно носить такое название от своих собратий и он вовсе не шаман.