В 1814 году в семинарии сменился ректор, и новый ректор решил переменить фамилии ученикам. Так Иван Попов стал Вениаминовым, получив фамилию в честь умершего в том году уважаемого всеми епископа Иркутского Вениамина (Багрянского). В 1817 году, за год до окончания семинарии, Иван Вениаминов вступил в брак и был посвящен в диакона иркутской Благовещенской церкви, в 1821 году он был рукоположен во священника той же церкви. Как священник отец Иоанн прослужил здесь всего два с небольшим года, но успел снискать любовь прихожан истовым совершением богослужения и в особенности тем, что по воскресеньям перед Литургией собирал в храм детей и давал им уроки Закона Божьего. Но Промыслом Божиим отец Иоанн был предназначен к иного рода деятельности.
В начале 1823 года Иркутский епископ Михаил получил предписание от Святейшего Синода послать священника на Алеутские острова (остров Уналашку), входившие тогда в состав русских владений, для просвещения светом Христовой веры тамошних инородцев. Однако, боясь дальности расстояния и суровых условий жизни, никто из духовенства ехать не хотел. Епископ Михаил оказался в затруднении: добровольцев не находилось, а насильно посылать было нельзя. И вдруг отец Иоанн Вениаминов выражает желание ехать. С грустью отпустил епископ Михаил такого примерного священника, и 7 мая 1823 года отец Иоанн выехал из Иркутска со своим семейством, которое состояло тогда из старушки-матери, жены, годовалого сына и брата.
Нужно заметить, что когда иркутское духовенство получило предложение преосвященного, отец Иоанн, как и другие священники, и не думал его принимать. Об Уналашке он слышал от одного выходца из тех мест, некоего Ивана Крюкова. Тот много рассказывал ему о тамошней жизни и даже убеждал его принять предложение преосвященного, но убеждения эти не действовали. О том, как появилось желание у отца Иоанна отправиться в столь далекое путешествие, он сам написал много лет спустя: «Когда этот же выходец, Иван Крюков, уже простивший со мною совсем и на прощание все еще убеждавший меня ехать в Уналашку, – в тот же самый день, при прощании своем с преосвященным (у которого и мне случилось быть в то время), стал рассказывать об усердии алеутов к молитве и слушанию слова Божия – то (да будет благословенно имя Господне!) я вдруг и, можно сказать, весь загорелся желанием ехать к таким людям. Живо помню и теперь, как я мучился нетерпением, ожидая минуты объявить мое желание преосвященному, и он точно удивился этому, но сказал только: посмотрим».
Отправился отец Иоанн прежде всего на свою родину, в село Ангинское, а оттуда на павозке (род баржи) по реке Лене до Якутска. Из Якутска путешественники должны были ехать на город Охотск, лежащий на востоке Сибири, у побережья Охотского моря. Весь этот трудный путь в тысячу верст отец Иоанн со всей семьей проехал верхом на лошадях. А дорога шла то узкими тропами через густые леса, то и вовсе по болоту; порой приходилось взбираться на длинный косогор или на крутую каменистую гору и двигаться по ее скользкой, покрытой снегом вершине… С помощью Божией все эти трудности были преодолены, и путешественники услышали наконец глухой рев морских волн, бившихся о высокие скалы, мало-помалу им стали показываться мачты судов, стоявших на реке Охоте, а потом и самый город Охотск. После долгого и трудного пути до Охотска плавание оттуда до Уналашки показалось путникам несравненно легким. 29 июля 1824 года, более чем через год, они благополучно прибыли на место.
Остров Уналашка, где должен был поселиться отец Иоанн, принадлежит к группе Алеутских островов, которые, вместе с прилегающей территорией Аляски, были открыты русскими в половине XVIII столетия и вскоре объявлены владениями России. Заселение их русскими промышленниками, привлекаемыми богатым пушным промыслом, началось с конца XVIII века. Одновременно началась и проповедь христианства среди туземцев. В конце XVIII века здесь подвизалась миссия под начальством архимандрита Иосафа, которой удалось крестить жителей на Кадьяке и других островах.
Несмотря на кратковременность проповеди, христианство в этих краях имело большой успех. Особенно усердно принималось оно алеутами, которые по своему мягкому и кроткому характеру охотно принимали христианскую веру, навсегда оставляя язычество. Ко времени прибытия отца Иоанна в русских владениях в Северной Америке, на разных островах, служили еще три священника-миссионера.