Во время отсутствия Альмагро Писарро пришлось столкнуться с опасным и широко распространившимся восстанием индейцев, которое возглавил Манко Капак-второй (или Манко Инка Юпанки) – преемник Уаскара, которого Писарро безуспешно пытался использовать как марионеточного правителя. Манко Капак полгода осаждал Куско, где заперлись с горсткой людей Эрнандо и Гонсало Писарро, третий брат Хуан был убит во время вылазки. Армии индейцев, однако, были слишком велики, чтобы продолжать сражаться длительное время, имея к тому же в своем распоряжении примитивные транспортные средства, так что через несколько месяцев армия Манко начала сокращаться. Но прежде чем братья Писарро смогли воспользоваться этим ослаблением врага, из Чили вернулся Альмагро с остатками своего отряда, зашел к Манко с тыла и разгромил его, вошел в Куско и завладел властью в городе и провинции[46]. Так началась первая гражданская война в Испанском Перу, «война Лас-Салинас» (Соляные копи). Подобно многим последующим волнениям в Перу, эта война была ссорой не только между двумя группировками испанцев, но и между побережьем и горами, между городами Лима и Куско. Лима победила; Альмагро после многих взлетов и падений потерпел поражение в 1538 году и был задушен по приказу Эрнандо Писарро, взявшего того в плен. Альмагро был щедрым и популярным военачальником, и его смерть многих сделала врагами братьев Писарро. Очередь Франсиско Писарро пришла тремя годами позже. В 1541 году он был убит в Лиме группой «людей из Чили». Губернатором был провозглашен Альмагро-младший, сын казненного, однако назначенный испанским королем новый губернатор предал его суду и в 1542 году казнил. Инка Манко Капак пережил и Франсиско Писарро и Диего Альмагро-отца и Диего Альмагро-сына. Он продолжал жить как правитель в изгнании в районе крепости Вилькабамба, периодически совершая нападения на испанцев и отбиваясь от их рейдов. Он был убит десять лет спустя несколькими беглыми испанцами, к которым он отнесся дружески.
Война, которая началась в 1541 году между сторонниками двух умерших военачальников, отличалась от предыдущих усобиц тем, что королевский губернатор, присланный из Испании, принимал в ней активное участие. Обладатель лицензии Вака де Кастро – председатель недавно образованной